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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g70 | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF HIV-1 RRE-IIB RNA WITH RSG-1.2 PEPTIDE | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/RNA / peptide-RNA complex / non-canonical base pairs / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Gosser, Y. / Hermann, T. / Majumdar, A. / Hu, W. / Frederick, R. / Jiang, F. / Xu, W. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Peptide-triggered conformational switch in HIV-1 RRE RNA complexes. 著者: Gosser, Y. / Hermann, T. / Majumdar, A. / Hu, W. / Frederick, R. / Jiang, F. / Xu, W. / Patel, D.J. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Molding a peptide into an RNA site by in vivo peptide evolution 著者: Harada, K. / Martin, S.S. / Tan, R. / Frankel, A.D. #2: ジャーナル: Science / 年: 1996 タイトル: alpha Helix-RNA major groove recognition in an HIV-1 Rev peptide-RRE RNA complex 著者: Battiste, J.L. / Mao, H. / Rao, N.S. / Tan, R. / Muhandiram, D.R. / Kay, L.E. / Frankel, A.D. / Williamson, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g70.cif.gz | 356.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g70.ent.gz | 294.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g70 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 10343.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 解説: T7 IN VITRO TRANSCRIPTION |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2574.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 解説: IN VIVO-SELECTED PEPTIDE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D homonuclear experiments, 2D, 3D heteronuclear experiments |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 10mM Sodium phosphate, 12.5mM Sodium acetate, 25mM Sodium chloride, 0.1mM EDTA pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 14 |