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- PDB-1g70: COMPLEX OF HIV-1 RRE-IIB RNA WITH RSG-1.2 PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g70
タイトルCOMPLEX OF HIV-1 RRE-IIB RNA WITH RSG-1.2 PEPTIDE
要素
  • HIV-1 RRE-IIB 32 NUCLEOTIDE RNA
  • RSG-1.2 PEPTIDE
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / peptide-RNA complex / non-canonical base pairs / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / :
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Gosser, Y. / Hermann, T. / Majumdar, A. / Hu, W. / Frederick, R. / Jiang, F. / Xu, W. / Patel, D.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Peptide-triggered conformational switch in HIV-1 RRE RNA complexes.
著者: Gosser, Y. / Hermann, T. / Majumdar, A. / Hu, W. / Frederick, R. / Jiang, F. / Xu, W. / Patel, D.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Molding a peptide into an RNA site by in vivo peptide evolution
著者: Harada, K. / Martin, S.S. / Tan, R. / Frankel, A.D.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: alpha Helix-RNA major groove recognition in an HIV-1 Rev peptide-RRE RNA complex
著者: Battiste, J.L. / Mao, H. / Rao, N.S. / Tan, R. / Muhandiram, D.R. / Kay, L.E. / Frankel, A.D. / Williamson, J.R.
履歴
登録2000年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 RRE-IIB 32 NUCLEOTIDE RNA
B: RSG-1.2 PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9182
ポリマ－12,9182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 90structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 RRE-IIB 32 NUCLEOTIDE RNA


分子量: 10343.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 解説: T7 IN VITRO TRANSCRIPTION
#2: タンパク質・ペプチド RSG-1.2 PEPTIDE


分子量: 2574.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 解説: IN VIVO-SELECTED PEPTIDE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D homonuclear experiments, 2D, 3D heteronuclear experiments

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試料調製

試料状態イオン強度: 10mM Sodium phosphate, 12.5mM Sodium acetate, 25mM Sodium chloride, 0.1mM EDTA
pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Delaglio, F., et al.解析
NMRView2.1.2Johnson, B.A., Blevins, R.A.データ解析
Amber4.1Kollman, P., et al.構造決定
Amber4.1Kollman, P., et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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