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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g6r | ||||||
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タイトル | A FUNCTIONAL HOT SPOT FOR ANTIGEN RECOGNITION IN A SUPERAGONIST TCR/MHC COMPLEX | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / T CELL ANTIGEN RECEPTOR / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / SUPERAGONIST | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development ...alpha-beta T cell receptor complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Neutrophil degranulation / complement activation, classical pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen binding / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / blood microparticle / defense response to bacterium / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Degano, M. / Garcia, K.C. / Apostolopoulos, V. / Rudolph, M.G. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A functional hot spot for antigen recognition in a superagonist TCR/MHC complex. 著者: Degano, M. / Garcia, K.C. / Apostolopoulos, V. / Rudolph, M.G. / Teyton, L. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Structural basis of plasticity in T cell receptor recognition of a self peptide-MHC antigen 著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Pease, L.R. / Huang, M. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 269 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 573.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22298.889 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01738 #2: タンパク質 | 分子量: 26284.180 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01852 #3: タンパク質 | 分子量: 31648.322 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01901 #4: タンパク質 | 分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 断片: NON-COVALENTLY ASSOCIATED WITH ENTITY 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01887 #5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1035.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M Tris/acetate, 10% PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 22K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: used macroseeding, Garcia, K.C., (1997) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 94, 13838. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 52209 / % possible obs: 83.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 62.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor obs: 0.29 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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