PDB-1g6m: NMR SOLUTION STRUCTURE OF CBT2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g6m

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF CBT2

要素

SHORT NEUROTOXIN 1

キーワード

TOXIN / all beta-sheet protein

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja kaouthia (コブラ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Cheng, Y. / Wang, W. / Wang, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution structure of CBT2
著者: Cheng, Y. / Wang, W. / Wang, J.

履歴

登録	2000年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g6m.cif.gz	320.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g6m.ent.gz	266.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1g6m_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1g6m_full_validation.pdf.gz	551.6 KB	表示
XML形式データ	1g6m_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	1g6m_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4iye-d 5mg9-d 4do8-1 5dae-1 1apq-d 4do8-2 1cvo-d 2mz6-d 1ntx-d 1w6b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 4891the Chemical Shifts list

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SHORT NEUROTOXIN 1

6.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 30	structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	SHORT NEUROTOXIN 1 分子量: 6871.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: P82849
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	2	2D NOESY
1	4	2	DQF-COSY
1	5	2	E-COSY
1	6	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	CBT2 4mM	90% H2O/10% D2O
2	CBT2 4mM	99.98% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	温度 (K)
1	4	300 K
2	4.5	300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1	Bruker	collection
Felix	98	MSI	データ解析
CNS	1	Brunger	構造決定
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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