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- PDB-1g6b: CRYSTAL STRUCTURE OF P47S MUTANT OF FERREDOXIN I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g6b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P47S MUTANT OF FERREDOXIN I
要素7FE FERREDOXIN I
キーワードELECTRON TRANSPORT / Iron-sulfur clusters / ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin, C-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Ferredoxin, C-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stout, C.D. / Burgess, B.K. / Bonagura, C.A. / Jung, Y.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Azotobacter vinelandii ferredoxin I: a sequence and structure comparison approach to alteration of [4Fe-4S]2+/+ reduction potential.
著者: Chen, K. / Jung, Y.S. / Bonagura, C.A. / Tilley, G.J. / Prasad, G.S. / Sridhar, V. / Armstrong, F.A. / Stout, C.D. / Burgess, B.K.
履歴
登録2000年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7FE FERREDOXIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6973
ポリマ－12,0491
非ポリマー6472
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.97, 54.97, 92.11
Angle α, β, γ (deg.)90., 90., 90.
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 7FE FERREDOXIN I


分子量: 12049.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MUTANT DESIGNED TO TEST REDUCTION POTENTIAL SHIFT / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00214
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 2 ℃ / pH: 7.4 / 詳細: Shen, B., (1994) J. Biol. Chem., 269, 8564.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-10 mg/mlprotein1drop
20.5 Mpotassium phosphate1drop
31.2 Mammonium sulfate1drop
43.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24 Å / Num. all: 83321 / Num. obs: 11740 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 557 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 83321

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FD1

7fd1


解像度: 1.9→24 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Xplor3.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 567 -5% of data
Rwork0.24 ---
all0.24 11332 --
obs0.24 11330 99.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数840 0 15 215 1070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 24 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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