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- PDB-1g5v: SOLUTION STRUCTURE OF THE TUDOR DOMAIN OF THE HUMAN SMN PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5v
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE TUDOR DOMAIN OF THE HUMAN SMN PROTEIN
要素SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN 1
キーワードTRANSLATION / mRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Z disc / nervous system development ...Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Z disc / nervous system development / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / perikaryon / nuclear body / neuron projection / axon / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SMN complex subunit Smn1 / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain ...SMN complex subunit Smn1 / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Survival motor neuron protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / mixed torsion, Cartesian angle dynamics simulated annealing protocol
データ登録者Selenko, P. / Sprangers, R. / Stier, G. / Buehler, D. / Fischer, U. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: SMN tudor domain structure and its interaction with the Sm proteins.
著者: Selenko, P. / Sprangers, R. / Stier, G. / Buhler, D. / Fischer, U. / Sattler, M.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7971
ポリマ－9,7971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average,lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN 1


分子量: 9796.644 Da / 分子数: 1 / 断片: TUDOR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMN1 / プラスミド: PET9D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
遺伝子 (発現宿主): EXPRESSED AS FUSION PROTEIN WITH N-TERMINAL HIS6-GST AND TEV CLEAVAGE SITE
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16637

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
3233D 13C-separated NOESY
131HNHA
141IPAP (dipolar couplings)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM 15N; 20mM phosphate buffer pH 6.3; 30mM NaCl; 5mM DTT90% H2O/10% D2O
21.0 mM 15N,13C; 20mM phosphate buffer pH 6.3; 30mM NaCl; 5mM DTT90% H2O/10% D2O
31.0 mM 15N,13C; 20mM phosphate buffer pH 6.3; 30mM NaCl; 5mM DTT100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM Phosphate 30mM NaCl / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6brukercollection
NMRPipeDelaglio,F et al. J. Biomol.NMR 6 277-293(1995)解析
XEASYBartels et al. J.Biomol.NMR 5,1-10(1995)データ解析
CNS0.3bruenger et al. Acta Crystallogr.D Biol. Crystallogr. 54, 905-21 (1998)精密化
精密化手法: mixed torsion, Cartesian angle dynamics simulated annealing protocol
ソフトェア番号: 1
詳細: 1402 Unambiguous NOE distance restraints 50 Hydrogen bond restraints 44 HN-N dipolar couplings
代表構造選択基準: closest to the average,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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