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- PDB-1g3v: CRYSTAL STRUCTURE OF NICKEL-D[CGTGTACACG]2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g3v
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NICKEL-D[CGTGTACACG]2
要素5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / nickel binding / B-DNA
機能・相同性NICKEL (II) ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Subirana, J.A. / Abrescia, N.G.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2002
タイトル: Nickel-guanine interactions in DNA: crystal structure of nickel-d[CGTGTACACG]2.
著者: Abrescia, N.A. / Huynh-Dinh, T. / Subirana, J.A.
履歴
登録2000年10月25日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02002年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,65012
ポリマ－12,1804
非ポリマー4708
水93752
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3837
ポリマ－6,0902
非ポリマー2935
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2665
ポリマ－6,0902
非ポリマー1763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.031, 53.031, 97.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*G)-3'


分子量: 3045.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: DNA, NiCl2, MPD, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1DNA11
2NiCl211
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.2 mMprotein1drop
210 mM1dropNiCl2
34 %1drop
510 %MPD1reservoir
4sodium cacodylate1droppH6.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.9058
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 2843 / Num. obs: 2843 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Num. unique all: 213 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 79.3 % / Num. measured all: 43286 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.1→8 Å / σ(F): 1
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996).
詳細: maximum likelihood target function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 230 -random
Rwork0.209 ---
all-2472 --
obs-2472 94.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 769 8 52 829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 / Rfactor all: 0.252 / Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.271
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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