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- PDB-1g38: ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE M. TAQ I/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g38
タイトルADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE M. TAQ I/DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*C)-3'
  • MODIFICATION METHYLASE TAQI
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE / DNA / METHYLTRANSFERASE / RESTRICTION SYSTEM / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Eco57I restriction-modification methylase / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site ...Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Eco57I restriction-modification methylase / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE / DNA / Type II methyltransferase M.TaqI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Goedecke, K. / Pignot, M. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the N6-adenine DNA methyltransferase M.TaqI in complex with DNA and a cofactor analog.
著者: Goedecke, K. / Pignot, M. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: DIFFERENTIAL BINDING OF S-ADENOSYLMETHIONINE, S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE AND SINEFUNGIN TO THE ADENINE-SPECIFIC DNA METHYLTRANSFERASE M. TAQ I
著者: Schluckebier, G. / Kozak, M. / Bleimling, N. / Weinhold, E. / Saenger, W.
履歴
登録2000年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年8月28日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
A: MODIFICATION METHYLASE TAQI
D: MODIFICATION METHYLASE TAQI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8188
ポリマ－102,1666
非ポリマー6532
水8,935496
1
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
A: MODIFICATION METHYLASE TAQI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4094
ポリマ－51,0833
非ポリマー3261
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
D: MODIFICATION METHYLASE TAQI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4094
ポリマ－51,0833
非ポリマー3261
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.500, 68.650, 114.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*C)-3'


分子量: 3051.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'


分子量: 3052.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 MODIFICATION METHYLASE TAQI / 2.1.1.72 / ADENINE-N6-DNA-METHYLTRANSFERASE TAQI


分子量: 44979.820 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 21 - 413 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / プラスミド: PA1-MTAQ-A49A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: P14385, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#4: 化合物 ChemComp-NEA / 5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE


分子量: 326.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N6O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% Isopropanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成名称: isopropanol
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.075 mMM-Taql1drop
20.100 mMoligodeoxynucleotide1drop
32 mMAETA1drop
410 mMTris-HCl1drop
5300 mM1dropNaCl
650 mMsodium cacodylate1reservoir
7100 mM1reservoirKCl
825 mM1reservoirMgCl2
915 %(v/v)iso-propanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月7日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 218047 / Num. obs: 54457 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 6.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 10.42
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 8013 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 67.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 218047

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ADM

2adm


解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: CNS throughout / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 5538 10.2 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.208 218047 --
obs0.208 54457 87.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6378 810 44 496 7728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 718 10.3 %
Rwork0.219 6240 -
obs--67.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP_NEW.PARAMDNA-RNA_NEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 54457 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.17
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.276 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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