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- PDB-1g31: GP31 CO-CHAPERONIN FROM BACTERIOPHAGE T4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g31
タイトルGP31 CO-CHAPERONIN FROM BACTERIOPHAGE T4
要素GP31
キーワードCHAPERONE / CO-CHAPERONIN / GROES / IN VIVO PROTEIN FOLDING / BACTERIOPHAGE T4
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid assembly / protein folding chaperone / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T4, Gp31, chaperonin-GroEL / 10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O / GroES chaperonin / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Capsid assembly protein Gp31
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hunt, J.F. / Van Der Vies, S.M. / Henry, L. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Structural adaptations in the specialized bacteriophage T4 co-chaperonin Gp31 expand the size of the Anfinsen cage.
著者: Hunt, J.F. / van der Vies, S.M. / Henry, L. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Interplay of Structure and Disorder in Cochaperonin Mobile Loops
著者: Landry, S.J. / Taher, A. / Georgopoulos, C. / Van Der Vies, S.M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Bacteriophage T4 Encodes a Co-Chaperonin that Can Substitute for Escherichia Coli Groes in Protein Folding
著者: Van Der Vies, S.M. / Gatenby, A.A. / Georgopoulos, C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970
タイトル: A Factor Preventing the Major Head Protein of Bacteriophage T4 from Random Aggregation
著者: Laemmli, U.K. / Beguin, F. / Gujer-Kellenberger, G.
履歴
登録1998年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02024年2月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP31
B: GP31
C: GP31
D: GP31
E: GP31
F: GP31
G: GP31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,87937
ポリマ－84,6447
非ポリマー2,23530
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area42230 Å2
手法PISA
2
A: GP31
B: GP31
C: GP31
D: GP31
E: GP31
F: GP31
G: GP31
ヘテロ分子

A: GP31
B: GP31
C: GP31
D: GP31
E: GP31
F: GP31
G: GP31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,75774
ポリマ－169,28814
非ポリマー4,46960
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area48940 Å2
ΔGint-459 kcal/mol
Surface area66590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.677, 157.677, 90.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1151-

PO4

21C-1171-

PO4

31F-1181-

K

41G-1161-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.623075, -0.782161, -0.001407), (0.782047, 0.622952, 0.018243), (-0.013393, -0.012467, 0.999833)35.2338, -12.7517, 0.9521
2given(-0.225365, -0.974185, -0.013204), (0.973952, -0.225618, 0.022651), (-0.025045, -0.007756, 0.999656)67.1743, 7.0365, 1.2559
3given(-0.901124, -0.433383, -0.012472), (0.433264, -0.901198, 0.011123), (-0.016061, 0.00462, 0.99986)71.4279, 44.0966, 0.4075
4given(-0.900758, 0.434151, -0.01215), (-0.434304, -0.90062, 0.016235), (-0.003894, 0.019901, 0.999794)45.1188, 70.4855, -0.4154
5given(-0.22242, 0.974776, -0.018447), (-0.974942, -0.222296, 0.00854), (0.004224, 0.019884, 0.999793)8.2535, 66.6088, -0.5862
6given(0.628568, 0.777645, -0.013072), (-0.777635, 0.628677, 0.006972), (0.013639, 0.005783, 0.99989)-11.8673, 35.0277, -0.3685
7given(0.621384, -0.7835, 0.00301), (0.783396, 0.621357, 0.014339), (-0.013105, -0.006552, 0.999893)35.1386, -12.5778, 0.5485
8given(-0.225929, -0.974064, -0.012453), (0.97391, -0.226137, 0.019001), (-0.021324, -0.007835, 0.999742)67.161, 7.124, 1.079
9given(-0.899123, -0.437592, -0.00954), (0.437457, -0.899139, 0.01344), (-0.01446, 0.007911, 0.999864)71.2535, 43.7027, 0.1996
10given(-0.900446, 0.434845, -0.010317), (-0.434953, -0.900357, 0.013184), (-0.003556, 0.016359, 0.99986)44.9487, 70.5651, -0.4855
11given(-0.223508, 0.97454, -0.017786), (-0.974702, -0.223469, 0.004207), (0.000126, 0.018276, 0.999833)8.2645, 66.8969, -0.5453
12given(0.625108, 0.780498, -0.007966), (-0.780505, 0.625143, 0.002852), (0.007206, 0.004435, 0.999964)-12.1163, 35.2549, -0.3328

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要素

#1: タンパク質
GP31


分子量: 12091.999 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: 31 / 器官: BRAIN / プラスミド: PSV25 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): GROES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1009 / 参照: UniProt: P17313
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE PHOSPHATE AND POTASSIUM IONS WITH RESIDUE NUMBERS FROM 1151 - 1184 LIE IN 4 CO-PLANAR AND ...THE PHOSPHATE AND POTASSIUM IONS WITH RESIDUE NUMBERS FROM 1151 - 1184 LIE IN 4 CO-PLANAR AND CONCENTRIC RINGS WHICH ARE CHARACTERIZED BY A COINCIDENCE OF TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AND SEVEN-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. THE TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC AXIS LIES IN THE PLANE OF THE RINGS, BISECTING THEM AND PASSING DIRECTLY THROUGH RESIDUES 1151, 1161, 1171, AND 1181 (WHICH THEREFORE LIE ON SPECIAL POSITIONS). RESIDUES 1151, 1161, AND 1171 ARE INORGANIC PHOSPHATE IONS (PO4) AND ONLY HALF OF THEIR COVALENT CHEMICAL STRUCTURE RESIDES IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT, AND THE COMPLETE STRUCTURE IS PRODUCED BY APPLICATION OF THE TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATION. THE SEVEN-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS IS PERPENDICULAR TO THE CONCENTRIC RINGS OF INORGANIC IONS AND INTERSECTS THE TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS ESSENTIALLY AT THEIR CENTER. THEREFORE, APPLICATION OF TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TO RESIDUES 1151, 1152, 1153, AND 1154 PRODUCES A RING OF 7 INORGANIC PHOSPHATE IONS WHICH ARE RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. SIMILARLY, RESIDUES 1161 - 1164 AND RESIDUES 1171 - 1174 GIVE RISE TO TWO ADDITIONAL RINGS OF INORGANIC PHOSPHATE IONS RELATED BY SEVEN-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, WHILE RESIDUES 1181 THROUGH 1184 GIVE RISE TO A RING OF POTASSIUM IONS RELATED BY SEVEN-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. IF THIS ALL MAKES YOUR BRAIN HURT (AS IT DID MINE), CHECK OUT FIGURE 1B IN THE PAPER ON THE CRYSTAL STRUCTURE OR LOOK DOWN THE SEVEN-FOLD AXIS OF THE GP31 OLIGOMER AFTER EXPANDING THE CONTENTS OF THE ASYMMETRIC UNIT BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
解説: THE SEARCH MODEL CONTAINED ONLY 68% OF THE RESIDUES THAT EVENTUALLY APPEARED IN THE STRUCTURE AND THERE IS ONLY 17% SEQUENCE IDENTITY IN THIS REGION.
結晶化詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 17 MG/ML FROM 0.42 M NAH(2)PO(4), 1.70 M K(2)HPO(4), 10 MM BES, 6 MM DTT, 0.035% NAN(3), 29% ETHYLENE GLYCOL.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 mg/mlprotein1drop
24 mMdithiothreitol1drop
310 mMBES1drop
42 mMdithiothreitol1reservoir
50.42 Msodium phospahte1reservoir
61.70 Mpotassium phosphate1reservoir
729 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
80.035 %(w/v)1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: BENT FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 42831 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.95 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 65
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.108

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ESCHERICHIA COLI GROES 2.8 ANGSTROM MODEL

解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: THE CONFORMATION OF RESIDUES 25 - 31 IS VERY APPROXIMATELY DEFINED IN ALL 7 CHAINS BECAUSE OF THE DIFFUSE NATURE OF THE ELECTRON DENSITY IN THIS REGION. THE MOLECULAR IDENTITY OF 10.5 OF THE ...詳細: THE CONFORMATION OF RESIDUES 25 - 31 IS VERY APPROXIMATELY DEFINED IN ALL 7 CHAINS BECAUSE OF THE DIFFUSE NATURE OF THE ELECTRON DENSITY IN THIS REGION. THE MOLECULAR IDENTITY OF 10.5 OF THE 17.5 PHOSPHATE IONS IN THE ASYMMETRIC UNIT WAS UNAMBIGUOUS BASED ON THEIR ELECTRON DENSITY IN AVERAGED MAPS AS WELL AS STEREOCHEMICAL AND REFINEMENT CRITERIA; THE MOLECULAR IDENTIFICATION OF THE OTHER SOLVENT IONS / MOLECULES REPRESENTS MORE TENTATIVE JUDGEMENTS BASED ON THE SAME CRITERIA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 4277 10 %SHELLS
Rwork0.225 ---
obs0.225 42831 83.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.22 Å20 Å20 Å2
2---3.22 Å20 Å2
3---6.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5709 0 89 469 6267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.751.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it7.132
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.922
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it11.742.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION0.50.03600
22X-RAY DIFFRACTION500.325
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 292 7 %
Rwork0.353 3853 -
obs--65.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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