[日本語] English
万見
- PDB-1g2g: MINIMAL CONFORMATION OF THE ALPHA-CONOTOXIN IMI FOR THE ALPHA7 NE... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2g
タイトルMINIMAL CONFORMATION OF THE ALPHA-CONOTOXIN IMI FOR THE ALPHA7 NEURONAL NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR RECOGNITION
要素ALPHA-CONOTOXIN IMI
キーワードTOXIN / alpha-helix / 3-10 helix
機能・相同性Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI
機能・相同性情報
手法溶液NMR / The structures were generated using the force fields parallhdg.pro, CHARMM22 of X-PLOR.
データ登録者Lamthanh, H. / Jegou-Matheron, C. / Servent, D. / Menez, A. / Lancelin, J.M.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Minimal conformation of the alpha-conotoxin ImI for the alpha7 neuronal nicotinic acetylcholine receptor recognition: correlated CD, NMR and binding studies.
著者: Lamthanh, H. / Jegou-Matheron, C. / Servent, D. / Menez, A. / Lancelin, J.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: A Nicotinic Acetylcholine Receptor Ligand of Unique Specificity, alpha-Conotoxin ImI
著者: McIntosh, J.M. / Yoshikami, D. / Mahe, E. / Nielsen, D.B. / Rivier, J.E. / Gray, W.R. / Olivera, B.M.
#2: ジャーナル: J.Physiol.(Paris) / 年: 1998
タイトル: Functional Determinants by which Snake and Cone Snail Toxins Block the alpha 7 Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptors
著者: Servent, D. / Lamthanh, H. / Antil, S. / Bertrand, D. / Corringer, P.J. / Changeux, J.P. / Menez, A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Identification of Residues in the Neuronal alpha7 Acetylcholine Receptor that Confer Selectivity for Conotoxin ImI
著者: Quiram, P.A. / Sine, S.M.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: NMR Spatial Structure of alpha-Conotoxin ImI Reveals a Common Scaffold in Snail and Snake Toxins Recognizing Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptors
著者: Maslennikov, I.V. / Shenkarev, Z.O. / Zhmak, M.N. / Ivanov, V.T. / Methfessel, C. / Tsetlin, V.I. / Arseniev, A.S.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: NMR Solution Structure of alpha-Conotoxin ImI and Comparison to other Conotoxins Specific for Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptors
著者: Rogers, J.P. / Luginbuhl, P. / Shen, G.S. / McCabe, R.T. / Stevens, R.C. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2000年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CONOTOXIN IMI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3571
ポリマ－1,3571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 60structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #7closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CONOTOXIN IMI


分子量: 1356.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The solid phase synthesis of alpha-conotoxin ImI was carried out using the F-moc chemistry. The sequence of the protein is naturally found in the venom of Conus imperialis (Imperial cone).
参照: UniProt: P50983
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細内容: 5-6 mM alpha-ImI; 90 % H2O, 10 % D2O; 0.1 M potassium phosphate buffer pH 5.8
溶媒系: 90 % H2O, 10 % D2O; 0.1 M potassium phosphate buffer pH 5.8
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Brukercollection
Gifa4.22Delsucデータ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: The structures were generated using the force fields parallhdg.pro, CHARMM22 of X-PLOR.
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る