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- PDB-1g2b: ALPHA-SPECTRIN SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN, CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2b
タイトルALPHA-SPECTRIN SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN, CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT N47-D48
要素SPECTRIN ALPHA CHAIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CAPPING PROTEIN / CALCIUM-BINDING / DUPLICATION / SH3 DOMAIN / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Berisio, R. / Viguera, A.R. / Serrano, L. / Wilmanns, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Atomic resolution structure of a mutant of the spectrin SH3 domain.
著者: Berisio, R. / Viguera, A. / Serrano, L. / Wilmanns, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Thermodynamic Analysis of alpha-spectrin SH3 and Two of Its Circular Permutants with Different Loop Lengths: Discerning the Reasons for Rapid Folding in Proteins
著者: Martinez, J.C. / Viguera, A.R. / Berisio, R. / Wilmanns, M. / Mateo, P.L. / Filimonov, V.V. / Serrano, L.
履歴
登録2000年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPECTRIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4174
ポリマ－7,1291
非ポリマー2883
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.100, 42.970, 53.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SPECTRIN ALPHA CHAIN


分子量: 7129.172 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT N47-D48, INS(M-D48), INS(SG-T4)
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Viguera, A.R., (1996) Nature Struct. Biol., 3, 874.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.12→14 Å / Num. all: 24461 / Num. obs: 24461 / % possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 1.12→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 102998
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.12→14 Å / Num. parameters: 634 / Num. restraintsaints: 742 / 交差検証法: R-FREE / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1292 5 %
obs0.148 --
all-24461 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 442 / Occupancy sum non hydrogen: 664
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数526 0 15 158 699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.039
LS精密化 シェル解像度: 1.12→14 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.203 1292
Rwork0.148 -
obs-24461
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.148 / Rfactor obs: 0.136
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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