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- PDB-1g1l: THE STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND REGULATION OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g1l
タイトルTHE STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND REGULATION OF GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE (RMLA). TDP-GLUCOSE COMPLEX.
要素GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / L-rhamnose / nucleotidyltransferase / pyrophosphorylase / thymidylyltransferase / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / : / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Asuncion, M. / Lam, J.S. / Naimsmith, J.H.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: The structural basis of the catalytic mechanism and regulation of glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (RmlA).
著者: Blankenfeldt, W. / Asuncion, M. / Lam, J.S. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The Purification, Crystallisation and Preliminary Structural Characterization of Glucose-1-phosphate Thymidylyltransferase (RmlA), the First Enzyme of the dTDP-L-rhamnose Synthesis ...タイトル: The Purification, Crystallisation and Preliminary Structural Characterization of Glucose-1-phosphate Thymidylyltransferase (RmlA), the First Enzyme of the dTDP-L-rhamnose Synthesis Pathway from Pseudomonas aeruginosa
著者: Blankenfeldt, W. / Giraud, M.F. / Leonard, G. / Rahim, R. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Naismith, J.H.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1965
タイトル: The nucleotide specificity and feedback control of thymidine diphosphate D-glucose pyrophosphorylase
著者: Melo, A. / Glaser, L.
履歴
登録2000年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月23日Group: Atomic model / Refinement description
改定 1.42018年1月31日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
B: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
C: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
D: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
E: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
F: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
G: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
H: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,53449
ポリマ－259,9118
非ポリマー11,62341
水53,5232971
1
A: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
B: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
C: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
D: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,91125
ポリマ－129,9554
非ポリマー5,95621
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23790 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area41000 Å2
手法PISA
2
E: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
F: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
G: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
H: GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,62324
ポリマ－129,9554
非ポリマー5,66720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22890 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area40860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.575, 73.410, 134.290
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 80.61, 80.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a tetramer best described as a dimer of dimers.

-
要素

#1: タンパク質
GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE / GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE (RMLA)


分子量: 32488.844 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PET23A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HU22, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-DAU / 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-グルコピラノシル)


分子量: 564.329 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O16P2
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 9-11 % (w/v) PEG 6000, 0.5 M lithium sulfate, 0.1 M citrate. 4 + 4 mikrolitre. Substrate added in 1 mikrolitre 50 mM., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K
詳細: Blankenfeldt, W., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 1501.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19-12 %(w/v)PEG60001reservoir
20.5 Mlithium sulfate1reservoir
30.1 Mcitrate/NaOH1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→40.64 Å / Num. obs: 202988 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.77→1.86 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 77.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 483036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.77→40.64 Å / SU B: 7.97272 / SU ML: 0.12873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.25383 / ESU R Free: 0.12348 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: TLS refinement in REFMAC5. Anisotropic B-factors calculated but not refined
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 12192 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.159 230146 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.02 Å2-0.03 Å2
2---0.16 Å2-0.26 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→40.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18296 0 717 2971 21984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.021
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.271.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.7082
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.1383
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.6784.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1260.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.35 / Rfactor Rwork: 0.247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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