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万見
- PDB-1g16: CRYSTAL STRUCTURE OF SEC4-GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g16
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SEC4-GDP
要素RAS-RELATED PROTEIN SEC4
キーワードSIGNALING PROTEIN / ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / G protein Rab / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ascospore-type prospore assembly / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi vesicle fusion to target membrane / incipient cellular bud site / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / regulation of exocytosis ...ascospore-type prospore assembly / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi vesicle fusion to target membrane / incipient cellular bud site / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / regulation of exocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / mating projection tip / endocytic recycling / vesicle docking involved in exocytosis / transport vesicle membrane / exocytosis / protein secretion / transport vesicle / Neutrophil degranulation / protein localization to plasma membrane / autophagy / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein SEC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stroupe, C. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of a Rab protein in its inactive and active conformations.
著者: Stroupe, C. / Brunger, A.T.
履歴
登録2000年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED PROTEIN SEC4
B: RAS-RELATED PROTEIN SEC4
C: RAS-RELATED PROTEIN SEC4
D: RAS-RELATED PROTEIN SEC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,46616
ポリマ－77,2224
非ポリマー2,24412
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.007, 56.379, 59.374
Angle α, β, γ (deg.)95.25, 101.68, 116.20
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
RAS-RELATED PROTEIN SEC4 / GTP-BINDING PROTEIN SEC4


分子量: 19305.557 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 18-187 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07560
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.7
詳細: PEG 4000, 12% Cobalt Chloride, 70 mM Sodium cacodylate, pH 5.7, microbatch, temperature 21K
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl11
25 mM11MgCl2
312 %(v/v)PEG400011
470 mM11CoCl2
5100 mMsodium cacodylate11

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.110.9797,0.9794,0.9796
シンクロトロンALS 5.0.120.9796,0.9794,0.9782
シンクロトロンALS 5.0.131.1000,0.9795
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年1月22日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年1月22日
ADSC QUANTUM 43CCD2000年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97941
30.97961
40.97821
51.11
60.97951
反射解像度: 1.8→28.9 Å / Num. all: 117032 / Num. obs: 104861 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 11775 / % possible all: 60.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 408214
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 1.8→28.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1170816.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 9995 9.8 %RANDOM
Rwork0.276 ---
all0.276 115730 --
obs0.276 102210 88.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.58 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å23.67 Å24.82 Å2
2---2.98 Å22.69 Å2
3---0.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5149 0 120 328 5597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 645 9.5 %
Rwork0.349 6112 -
obs--58.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GDP.PARAMGDP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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