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- PDB-1g11: TOLUENE-4-MONOOXYGENASE CATALYTIC EFFECTOR PROTEIN NMR STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g11
タイトルTOLUENE-4-MONOOXYGENASE CATALYTIC EFFECTOR PROTEIN NMR STRUCTURE
要素TOLUENE-4-MONOOXYGENASE CATALYTIC EFFECTOR
キーワードOXIDOREDUCTASE / aromatic hydrocarbon catabolism / monooxygenase / toluene oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene catabolic process / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toluene-4-monooxygenase system, effector component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Hemmi, H. / Studts, J.M. / Chae, Y.K. / Song, J. / Markley, J.L. / Fox, B.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the toluene 4-monooxygenase effector protein (T4moD).
著者: Hemmi, H. / Studts, J.M. / Chae, Y.K. / Song, J. / Markley, J.L. / Fox, B.G.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2000
タイトル: Assignment of 1H, 13C and 15N NMR Signals in the Toluene 4-monooxygenase Effector Protein
著者: Hemmi, H. / Studts, J.M. / Chae, Y.K. / Fox, B.G. / Markley, J.L.
#2: ジャーナル: PROTEIN EXPR.PURIF. / 年: 1999
タイトル: Application of Fed-batch Fermentation to the Preparation of Isotopicaly Labeled or Selenomethionyl-labeled Proteins
著者: Studts, J.M. / Fox, B.G.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Detection and Classification of Hyperfine-shifted 1H, 2H, and 15N Resonances of the Rieske Ferredoxin Component from Toluene 4-monooxygenase
著者: Xia, B. / Pikus, J.D. / Xia, W. / McClay, K. / Steffan, R.J. / Chae, Y.K. / Westler, M.M. / Markley, J.L. / Fox, B.G.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Recombinant Toluene-4-monooxygenase: Catalytic and Mossbauer Studies of the Purified Diiron and Rieske Components of a Four-Protein Complex
著者: Pikus, J.D. / M Studts, J. / Achim, C. / Kauffmann, K.E. / Munck, E. / Steffan, R.J. / Mcclay, K. / Fox, B.G.
#5: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1991
タイトル: Toluene-4-monooxygenase, a Three Component Enzyme System that Catalyzes the Oxidation of Toluene to p-Cresol in Pseudomonas mendocina KR1
著者: Whited, G.M. / Gibson, D.T.
履歴
登録2000年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOLUENE-4-MONOOXYGENASE CATALYTIC EFFECTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4981
ポリマ－11,4981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60target function
代表モデルモデル #1one of ensemble

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要素

#1: タンパク質 TOLUENE-4-MONOOXYGENASE CATALYTIC EFFECTOR / TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D / T4MOD


分子量: 11497.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
株: KR1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 1H-15N HSQC,HNCA,HN(CO)CA,C(CO)NH,HN(CA)CB,(H)CCH-COSY,(H)CCH-TOCSY,2D 1H-NOESY,2D 1H-TOCSY,CT-13C-HSQC,3D NOESY-CT-HSCQ,3D TOCSY-CT-HSQC
NMR実験の詳細Text: 123 1H-15N CROSS PEAKS WERE ASSIGNED OUT OF THE EXPECTED 129 CROSS PEAKS (95% COMPLETE). 386 BACKBONE RESONANCES WERE ASSIGNED OUT OF THE EXPECTED 400 RESONANCES (97% COMPLETE). 789 SIDECHAIN ...Text: 123 1H-15N CROSS PEAKS WERE ASSIGNED OUT OF THE EXPECTED 129 CROSS PEAKS (95% COMPLETE). 386 BACKBONE RESONANCES WERE ASSIGNED OUT OF THE EXPECTED 400 RESONANCES (97% COMPLETE). 789 SIDECHAIN RESONANCES WERE ASSIGNED OUT OF THE EXPECTED 901 RESONANCES (88% COMPLETE). ARG SIDECHAIN ATOMS ACCOUNT FOR 51 OF 112 UNASSIGNED SIDECHAIN ATOMS (51%).

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-13C,U-15N] T4moD50 mM phosphate pH 7.0, 90% H20/10% D20 or 99.9% D20, 0.5 uM azide, protease inhibitor cocktail product no. p 27124, Sigma Chemical Co, St. Louis, MO
23.0 mM [NA] T4moD50 mM phosphate pH 7.0, 90% H20/10% D20 or 99.9% D20, 0.5 uM azide, protease inhibitor cocktail product no. p 27124, Sigma Chemical Co, St. Louis, MO
試料状態イオン強度: 67 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.843BRUNGER構造決定
DYANA1.5GUNTER, MUMENTHALER, WUTRICH精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 1339 interproton restraints. These comprised 367 intraresidue, 424 sequential, 195 medium-range, and 273 long-range NOE distance restraints and 128 dihedral angle ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 1339 interproton restraints. These comprised 367 intraresidue, 424 sequential, 195 medium-range, and 273 long-range NOE distance restraints and 128 dihedral angle restraints (78 psi, 26 phi, and 24 chi), AND 80 HYDROGEN BONDING reSTRAINTS.
代表構造選択基準: one of ensemble
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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