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万見
- PDB-1g0u: A GATED CHANNEL INTO THE PROTEASOME CORE PARTICLE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g0u
タイトルA GATED CHANNEL INTO THE PROTEASOME CORE PARTICLE
要素(PROTEASOME COMPONENT ...) x 14
キーワードHYDROLASE / proteasome / ubiquitin / degradation / protease / Ntn-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 ...Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Groll, M. / Bajorek, M. / Kohler, A. / Moroder, L. / Rubin, D.M. / Huber, R. / Glickman, M.H. / Finley, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: A gated channel into the proteasome core particle.
著者: Groll, M. / Bajorek, M. / Kohler, A. / Moroder, L. / Rubin, D.M. / Huber, R. / Glickman, M.H. / Finley, D.
履歴
登録2000年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASOME COMPONENT Y7
B: PROTEASOME COMPONENT Y13
C: PROTEASOME COMPONENT PRE6
D: PROTEASOME COMPONENT PUP2
E: PROTEASOME COMPONENT PRE5
F: PROTEASOME COMPONENT C1
G: PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA
H: PROTEASOME COMPONENT PUP1
I: PROTEASOME COMPONENT PUP3
J: PROTEASOME COMPONENT C11
K: PROTEASOME COMPONENT PRE2
L: PROTEASOME COMPONENT C5
M: PROTEASOME COMPONENT PRE4
N: PROTEASOME COMPONENT PRE3
O: PROTEASOME COMPONENT Y7
P: PROTEASOME COMPONENT Y13
Q: PROTEASOME COMPONENT PRE6
R: PROTEASOME COMPONENT PUP2
S: PROTEASOME COMPONENT PRE5
T: PROTEASOME COMPONENT C1
U: PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA
V: PROTEASOME COMPONENT PUP1
W: PROTEASOME COMPONENT PUP3
X: PROTEASOME COMPONENT C11
Y: PROTEASOME COMPONENT PRE2
Z: PROTEASOME COMPONENT C5
1: PROTEASOME COMPONENT PRE4
2: PROTEASOME COMPONENT PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)718,94448
ポリマ－718,45828
非ポリマー48620
水52,3882908
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area112920 Å2
ΔGint-510 kcal/mol
Surface area217200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.18, 301.1, 144.1
Angle α, β, γ (deg.)90., 113., 90.
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a multisubunit complex composed of 28 subunits, whereas 14 subunits are different.

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要素

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PROTEASOME COMPONENT ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2

#1: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT Y7 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT Y7 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P23639, EC: 3.4.99.46
#2: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT Y13 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT Y13 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y13


分子量: 27181.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P23638, EC: 3.4.99.46
#3: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE6 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE6


分子量: 27121.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P40303, EC: 3.4.99.46
#4: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PUP2 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP2


分子量: 26453.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P32379, EC: 3.4.99.46
#5: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE5 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE5


分子量: 25541.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P40302, EC: 3.4.99.46
#6: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C1 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT C1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C1


分子量: 27325.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P21242, EC: 3.4.99.46
#7: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / ...MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / COMPONENT Y8 / SCL1 SUPPRESSOR PROTEIN


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P21243, EC: 3.4.99.46
#8: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PUP1 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP1


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P25043, EC: 3.4.99.46
#9: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PUP3 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PUP3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P25451, EC: 3.4.99.46
#10: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C11 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT C11 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P22141, EC: 3.4.99.46
#11: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE2 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P30656, EC: 3.4.99.46
#12: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT C5 / E.C.3.4.99.46 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C5


分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P23724, EC: 3.4.99.46
#13: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE4 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE4


分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P30657, EC: 3.4.99.46
#14: タンパク質 PROTEASOME COMPONENT PRE3 / E.C.3.4.99.46 / MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P38624, EC: 3.4.99.46

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非ポリマー , 2種, 2928分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.25 %
結晶化温度: 297 K / 手法: hanging drop vapor-diffusion / pH: 6.7
詳細: 22mM Magnesium acetate, 4% Dimethylsulfoxide, 100mM morpholinoethanesulfonic acid, 11% methylpentanediol, pH 6.7, hanging drop vapour-diffusion, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
422 mMmagnesium acetate1reservoir
55 %(v/v)dimethylsulfoxide1reservoir
6100 mMmorpholino-ethane-sulphonic1reservoir
711 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 378678 / Num. obs: 378678 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 0.2 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 1017653
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 18933 5 %random
Rwork0.25 ---
all0.263 378678 --
obs0.26 378678 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48906 0 20 2908 51834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.878
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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