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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g0u | ||||||
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タイトル | A GATED CHANNEL INTO THE PROTEASOME CORE PARTICLE | ||||||
要素 | (PROTEASOME COMPONENT ...) x 14 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / proteasome / ubiquitin / degradation / protease / Ntn-hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Groll, M. / Bajorek, M. / Kohler, A. / Moroder, L. / Rubin, D.M. / Huber, R. / Glickman, M.H. / Finley, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: A gated channel into the proteasome core particle. 著者: Groll, M. / Bajorek, M. / Kohler, A. / Moroder, L. / Rubin, D.M. / Huber, R. / Glickman, M.H. / Finley, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g0u.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g0u.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g0u_validation.pdf.gz | 574 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g0u_full_validation.pdf.gz | 734.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g0u_validation.xml.gz | 132.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g0u_validation.cif.gz | 215.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g0u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a multisubunit complex composed of 28 subunits, whereas 14 subunits are different. |
-要素
-PROTEASOME COMPONENT ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P23639, EC: 3.4.99.46 #2: タンパク質 | 分子量: 27181.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P23638, EC: 3.4.99.46 #3: タンパク質 | 分子量: 27121.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P40303, EC: 3.4.99.46 #4: タンパク質 | 分子量: 26453.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P32379, EC: 3.4.99.46 #5: タンパク質 | 分子量: 25541.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P40302, EC: 3.4.99.46 #6: タンパク質 | 分子量: 27325.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P21242, EC: 3.4.99.46 #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P21243, EC: 3.4.99.46 #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P25043, EC: 3.4.99.46 #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P25451, EC: 3.4.99.46 #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P22141, EC: 3.4.99.46 #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P30656, EC: 3.4.99.46 #12: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P23724, EC: 3.4.99.46 #13: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P30657, EC: 3.4.99.46 #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PART OF 20S SUBUNIT / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant: SUB61 / 参照: UniProt: P38624, EC: 3.4.99.46 |
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-非ポリマー , 2種, 2928分子
#15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: hanging drop vapor-diffusion / pH: 6.7 詳細: 22mM Magnesium acetate, 4% Dimethylsulfoxide, 100mM morpholinoethanesulfonic acid, 11% methylpentanediol, pH 6.7, hanging drop vapour-diffusion, temperature 297K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 378678 / Num. obs: 378678 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 0.2 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1017653 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.42 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |