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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g0r | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND REGULATION OF GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE (RMLA). THYMIDINE/GLUCOSE-1-PHOSPHATE COMPLEX. | ||||||
![]() | GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / L-rhamnose / nucleotidyltransferase / pyrophosphorylase / thymidylyltransferase / allostery | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blankenfeldt, W. / Asuncion, M. / Lam, J.S. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural basis of the catalytic mechanism and regulation of glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (RmlA). 著者: Blankenfeldt, W. / Asuncion, M. / Lam, J.S. / Naismith, J.H. #1: ![]() タイトル: The Purification, Crystallisation and Preliminary Structural Characterisation of Glucose-1-phosphate Thymidylyltransferase (RmlA), the First Enzyme of the dTDP-L-rhamnose Synthesis ...タイトル: The Purification, Crystallisation and Preliminary Structural Characterisation of Glucose-1-phosphate Thymidylyltransferase (RmlA), the First Enzyme of the dTDP-L-rhamnose Synthesis Pathway from Pseudomonas aeruginosa 著者: Blankenfeldt, W. / Giraud, M.F. / Leonard, G. / Rahim, R. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Naismith, J.H. #2: ![]() タイトル: The Nucleotide Specificity and Feedback Control of Thymidine Diphosphate D-glucose Pyrophosphorylase 著者: Melo, A. / Glaser, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1021.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 848.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 123.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 170.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer that can be described as a dimer of dimers. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32488.844 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HU22, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase #2: 糖 | ChemComp-G1P / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-THM / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 9-11% (w/v) PEG 6000 0.5 M lithium sulfate cocrystallisation with ligands, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K詳細: Blankenfeldt, W., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 1501. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→72.55 Å / Num. obs: 183207 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / % possible all: 66.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 333697 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.87→73 Å / SU B: 10.81297 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.21113 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Initial TLS-refinement. Anisotropic B-values calculated but not refined
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→73 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.395 / Rfactor Rwork: 0.232 |