PDB-1fzr: CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE T7 ENDONUCLEASE I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fzr

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE T7 ENDONUCLEASE I

要素

ENDONUCLEASE I

キーワード

HYDROLASE / Holliday junction resolvase / Homodimer / Domain swapped / Composite active site

機能・相同性

機能・相同性情報

degradation of host chromosome by virus / deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / double-stranded DNA endonuclease activity / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA integration / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T7 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hadden, J.M. / Convery, M.A. / Declais, A.C. / Lilley, D.M.J. / Phillips, S.E.V.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the Holliday junction resolving enzyme T7 endonuclease I.
著者: Hadden, J.M. / Convery, M.A. / Declais, A.C. / Lilley, D.M. / Phillips, S.E.

履歴

登録	2000年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fzr.cif.gz	125.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fzr.ent.gz	99.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/1fzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/1fzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1m0d-1 1m0i-1 1m0i-2 4lpx-1 1m0d-2 1873 3s03-1 4jx0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENDONUCLEASE I

B: ENDONUCLEASE I

C: ENDONUCLEASE I

D: ENDONUCLEASE I

64.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENDONUCLEASE I

B: ENDONUCLEASE I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ENDONUCLEASE I

D: ENDONUCLEASE I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.660, 135.190, 61.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Endonuclease I is active as a homodimer. There are 2 homodimers in the asymmetric unit. Chains A and B form one homodimer. / Endonuclease I is active as a homodimer. There are 2 homodimers in the asymmetric unit. Chains C and D form the other homodimer

#1: タンパク質	ENDONUCLEASE I / ENDODEOXYRIBONUCLEASE I 分子量: 16069.557 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 12-149 / 変異: E65K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 属: T7-like viruses / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00641, deoxyribonuclease IV
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	4	69.26
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.2	PEG 4000, ammonium sulphate, sodium chloride, Tris.HCL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
291	2	also used cross seeding using non-semet substituted protein		PEG 4000, ammonium sulphate, sodium chloride, Tris.HCL, Also used cross seeding using non-Semet substituted protein, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 8

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	4 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop
3	50 mM		1	drop	NaCl
4	17-19 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
5	100 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
6	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.88 Å / Num. all: 229942 / Num. obs: 61020 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Num. unique all: 8761 / % possible all: 99.6
反射	PLUS Num. measured all: 229942 / R_merge(I) obs*: 0.06
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.6 % / Mean I/σ(I) obs*: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
CNS	0.9	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング

精密化

解像度: 2.1→28.81 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2004036.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Maximum likelihood target used. The structure was solved using the Semet MAD technique at 3.0A, an optimised anomalous data set at 2.5A and a native data set at 2.1A. See paper for details.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	6061	10 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
all	0.202	60471	-	-
obs	0.202	60471	99.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 72.05 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.36 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	29 Å
Luzzati sigma a	0.25 Å	0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4217	0	0	485	4702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.08
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	4.72	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	5.6	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	7.58	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	9.58	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / R_factor R_free error: 0.01 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	960	10.1 %
R_work	0.284	8545	-
obs	-	-	94.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.198

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 54.1 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.08
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.324 / % reflection R_free: 10.1 % / R_factor R_work: 0.284

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関連情報:EMDBヘッダ

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