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- PDB-1fx3: CRYSTAL STRUCTURE OF H. INFLUENZAE SECB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fx3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF H. INFLUENZAE SECB
要素PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein trasnport / translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tetramerization / unfolded protein binding / protein folding / protein transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial protein export chaperone SecB / Preprotein translocase subunit SecB / Bacterial Protein-export protein SecB / SecB-like / SecB-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-export protein SecB
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, Z. / Knafels, J.D. / Yoshino, K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the bacterial protein export chaperone secB.
著者: Xu, Z. / Knafels, J.D. / Yoshino, K.
履歴
登録2000年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB
B: PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB
C: PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB
D: PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5854
ポリマ－76,5854
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.344, 126.344, 148.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a tetramer contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB / SECB


分子量: 19146.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44853
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, ethanol, PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
32.0 Mammonium sulfate1reservoir
410 %(v/v)ethanol1reservoir
5100 mMPIPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 42096 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 515992
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.5→44.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 622143.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 4048 10.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 40192 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.21 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.21 Å20 Å20 Å2
2---2.21 Å20 Å2
3---4.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4422 0 0 63 4485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 607 9.9 %
Rwork0.349 5511 -
obs--88.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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