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- PDB-1fx0: Crystal structure of the chloroplast F1-ATPase from spinach -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fx0
タイトルCrystal structure of the chloroplast F1-ATPase from spinach
要素
  • ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
  • ATP SYNTHASE BETA CHAIN
キーワードHYDROLASE / latent ATPase / thermal stability / potential tentoxin binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid membrane / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain ...ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta, chloroplastic / ATP synthase subunit alpha, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Groth, G. / Pohl, E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The structure of the chloroplast F1-ATPase at 3.2 A resolution.
著者: Groth, G. / Pohl, E.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Rapid Purification of Membrane extrinsic F1-domain of chloroplast ATP synthase in monodisperse form suitable for 3D crystallization
著者: Groth, G. / Schirwitz, K.
履歴
登録2000年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: ATP SYNTHASE BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4272
ポリマ－109,4272
非ポリマー00
水00
1
A: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: ATP SYNTHASE BETA CHAIN

A: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: ATP SYNTHASE BETA CHAIN

A: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: ATP SYNTHASE BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,2806
ポリマ－328,2806
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area27280 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area101910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)147.700, 147.700, 385.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The biological assembly is a Hetero-Hexamer containing 3 copies of the A and 3 copies of the B subunit The asymmetric unit contains also one third of the gamma and one third of the epsilon subunit. The structures of these subunits, however, were not resolved. The heterohexamer consist of 3x(alpha), 3x(beta), 1x(gamma), 1x(epsilon).

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要素

#1: タンパク質 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN


分子量: 55505.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06450, EC: 3.6.1.34
#2: タンパク質 ATP SYNTHASE BETA CHAIN


分子量: 53921.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P00825, EC: 3.6.1.34

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, HEPES, Na-azide, pH 7.5, Microbatch, temperature 25K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mMHEPES11
21 mMdithiothreitol11
30.002 %(w/v)PMSF11
40.01 %(w/v)11NaN3
51.5 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 23315 / Num. obs: 23050 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 73.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 76
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 231238

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 3.2→6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.35 924 random
Rwork0.3191 --
all-22819 -
obs-22819 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7187 0 0 0 7187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005408
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35434
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.319 / Rfactor Rfree: 0.35
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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