ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 解像度: 1.94→25.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 515569.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.229 | 4647 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.202 | - | - | - |
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obs | 0.202 | 46302 | 94.2 % | - |
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all | - | 46302 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.51 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 5.6 Å2 | 4.4 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 5.6 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -11.2 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.28 Å | 0.24 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.32 Å | 0.26 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→25.42 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4044 | 0 | 30 | 261 | 4335 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.77 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.34 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.01 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.04 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.99 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.384 | 602 | 10.6 % |
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Rwork | 0.351 | 5075 | - |
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obs | - | - | 66.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | PEP_MOD4.PARAMPEP.TOP | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35.5 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.84 | | | | | | |
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