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- PDB-1fsl: FERRIC SOYBEAN LEGHEMOGLOBIN COMPLEXED WITH NICOTINATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fsl
タイトルFERRIC SOYBEAN LEGHEMOGLOBIN COMPLEXED WITH NICOTINATE
要素LEGHEMOGLOBIN A
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN / NITROGEN FIXATION / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitrogen compound / nodulation / response to cobalt ion / response to hydrogen sulfide / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICOTINIC ACID / Leghemoglobin 3
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ellis, P.J. / Guss, J.M. / Freeman, H.C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Structure of ferric soybean leghemoglobin a nicotinate at 2.3 A resolution.
著者: Ellis, P.J. / Appleby, C.A. / Guss, J.M. / Hunter, W.N. / Ollis, D.L. / Freeman, H.C.
#1: ジャーナル: Aust.J.Chem. / 年: 1983
タイトル: Crystal Structure of Soybean Ferric Leghaemoglobin a Nicotinate at a Resolution of 3.3 Angstrom
著者: Ollis, D.L. / Appleby, C.A. / Colman, P.M. / Cutten, A.E. / Guss, J.M. / Venkatappa, M.P. / Freeman, H.C.
履歴
登録1995年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEGHEMOGLOBIN A
B: LEGHEMOGLOBIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0006
ポリマ－30,5212
非ポリマー1,4794
水1,26170
1
A: LEGHEMOGLOBIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0003
ポリマ－15,2601
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LEGHEMOGLOBIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0003
ポリマ－15,2601
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.690, 56.550, 57.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.461976, 0.030242, 0.886377), (-0.021546, -0.999506, 0.022872), (0.886631, -0.008532, 0.4624)
ベクター: -41.53064, 45.05125, 19.71374)

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要素

#1: タンパク質 LEGHEMOGLOBIN A


分子量: 15260.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FE(III), PH 6.0 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 器官: ROOT NODULE / 参照: UniProt: P02238
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Ollis, D.L., (1983) Aust. J. Chem., 36, 451.

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1981 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→8 Å / Num. obs: 14153 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射
*PLUS
Num. measured all: 18416

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROFFT精密化
ENRAF-NONIUSデータ削減
タンパク質(STEIGEMANN)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.158 --
obs-6877 49.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 12.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 172 70 2410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0160.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.591
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.031.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.521
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0780.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.150.25
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1980.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1720.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1820.25
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.23
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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