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万見
- PDB-1fsc: Crystal Structure of Fasciculin 2 from Green Mamba Snake Venom: E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fsc
タイトルCrystal Structure of Fasciculin 2 from Green Mamba Snake Venom: Evidence for Unusual Loop Flexibility
要素FASCICULIN 2
キーワードSNAKE TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Fasciculin-1 / Fasciculin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Housset, D. / Le Du, M.H. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of fasciculin 2 from green mamba snake venom: evidence for unusual loop flexibility.
著者: le Du, M.H. / Housset, D. / Marchot, P. / Bougis, P.E. / Navaza, J. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: 1.9-Angstroms Resolution Structure of Fasciculin 1, an Anti-Acetylcholinesterase Toxin from Green Mamba Snake Venom
著者: Le Du, M.H. / Marchot, P. / Bougis, P.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Crystals of Fasciculin 2 from Green Mamba Snake Venom
著者: Le, M.H. / Marchot, P. / Bougis, P.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録1995年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET SHEET SHEET_ID: AB, DETERMINATION METHOD: DSSP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FASCICULIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7693
ポリマ－6,7691
非ポリマー02
水99155
1
A: FASCICULIN 2

A: FASCICULIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5386
ポリマ－13,5382
非ポリマー04
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.930, 48.930, 82.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 31 / 2: CIS PROLINE - PRO 56

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要素

#1: タンパク質 FASCICULIN 2


分子量: 6768.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 参照: UniProt: P01403, UniProt: P0C1Z0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TURN DETERMINATION METHOD: DSSP
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.12 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 66 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.05 Mammonium acetate1drop
335 %satammonium sulfate1reservoir
45 mMbeta-octylglucoside1reservoir
50.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
11.54
シンクロトロンLURE DW3220.9
検出器
タイプID検出器日付
XENTRONICS1AREA DETECTOR1992
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1992
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.91
反射Num. obs: 6363 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 2.5
詳細: THE CRYSTALS ONLY GROW IN THE PRESENCE OF BETA-OCTYL GLUCOSIDE. DURING REFINEMENT THE FO-FC ELECTRON DENSITY MAP SHOWED A LARGE POSITIVE PEAK IN A HYDROPHOBIC POCKET AT THE INTERFACE BETWEEN ...詳細: THE CRYSTALS ONLY GROW IN THE PRESENCE OF BETA-OCTYL GLUCOSIDE. DURING REFINEMENT THE FO-FC ELECTRON DENSITY MAP SHOWED A LARGE POSITIVE PEAK IN A HYDROPHOBIC POCKET AT THE INTERFACE BETWEEN THE TWO MOLECULES FORMING THE CRYSTALLOGRAPHIC DIMER. FOR THE PURPOSE OF REFINEMENT, TWO OXYGEN ATOMS WERE MODELED IN THIS DENSITY. VAN DER WAALS INTERACTIONS BETWEEN THESE TWO ATOMS WERE INTENTIONALLY SWITCHED OFF TO LET THEM FREE TO MOVE TO THE OPTIMAL POSITION. IT EXPLAINS THE SHORT DISTANCE (1.7 A) BETWEEN THEM. THE AUTHORS DISCUSS THIS IN THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS AND BELIEVE THAT THIS POCKET COULD BE OCCUPIED BY PART OF THE ALIPHATIC CHAIN OF THE BETA-OCTYL GLUCOSIDE MOLECULE. THE TWO OXYGENS ARE PRESENTED AS O 156 AND O 157 BELOW.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.188 --
obs0.188 6287 88 %
原子変位パラメータBiso mean: 27.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数464 0 2 55 521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.93
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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