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- PDB-1frf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE NI-FE HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO FRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1frf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE NI-FE HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS
要素([NI-FE] HYDROGENASE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NI-FE HYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / : / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Montet, Y. / Volbeda, A. / Piras, C. / Hatchikian, E.C. / Frey, M. / Fontecilla, J.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: 3Fe-4S] to [4Fe-4S] cluster conversion in Desulfovibrio fructosovorans [NiFe] hydrogenase by site-directed mutagenesis
著者: Rousset, M. / Montet, Y. / Guigliarelli, B. / Forget, N. / Asso, M. / Bertrand, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Hatchikian, E.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Gas Access to the Active Site of Ni-Fe Hydrogeases Probed by X-Ray Crystallography and Molecular Dynamics
著者: Montet, Y. / Amara, P. / Volbeda, A. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Field, M.J. / Frey, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録1998年7月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _diffrn_source.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 3.02023年8月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: [NI-FE] HYDROGENASE
L: [NI-FE] HYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2308
ポリマ－90,0922
非ポリマー1,1386
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.610, 99.770, 184.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.394555, 0.745792, 0.536769), (0.752715, -0.597372, 0.276706), (0.527016, 0.294858, -0.797065)
ベクター: 4.525, 24.064, 94.348)

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 SL

#1: タンパク質 [NI-FE] HYDROGENASE / E.C.1.18.99.1 / CYTOCHROME C3 HYDROGENASE


分子量: 28422.400 Da / 分子数: 1 / 断片: SMALL CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSM 3604
由来: (天然) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 株: WILD TYPE / 参照: UniProt: P18187, 1.18.99.1
#2: タンパク質 [NI-FE] HYDROGENASE / E.C.1.18.99.1 / CYTOCHROME C3 HYDROGENASE


分子量: 61669.488 Da / 分子数: 1 / 断片: LARGE CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSM 3604
由来: (天然) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 株: WILD TYPE / 参照: UniProt: P18188, 1.18.99.1

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非ポリマー , 6種, 138分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化pH: 6.4
詳細: PEG 6000 28%, MES 100MM PH 6,4 25MM OCTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, pH 6.4
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMMES12
2100 mMammonium acetate12
325 mMoctyl-beta-D-glucopyranoside12
424-26 %PEG600012

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9794
検出器日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.7 Å / Num. obs: 43607 / % possible obs: 66.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 56.4
反射
*PLUS
Num. obs: 33794 / % possible obs: 74 % / Num. measured all: 79013 / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FRV

1frv


解像度: 2.7→12 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
詳細: THERE ARE THREE MOLECULES PER ASYMETRIC UNIT. IN ALL REFINEMENT STEPS, THE STRICT NON CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS USED. THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1 - 5 OF THE LARGE SUBUNIT ...詳細: THERE ARE THREE MOLECULES PER ASYMETRIC UNIT. IN ALL REFINEMENT STEPS, THE STRICT NON CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS USED. THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1 - 5 OF THE LARGE SUBUNIT AND RESIDUES 1 - 3 FOR THE SMALL ONE. SOME ATOMS HAVE OCCUPANCIES LESS THAN 1.0 : THEY BELONG TO LATERAL CHAINS WHICH ARE DISORDERED , AS THEY ARE LOCATED ON THE SURFACE OF THE PROTEIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 -5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2201 32894 66.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6138 0 26 132 6296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.962
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.41
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.41
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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