PDB-1fp9: STRUCTURE OF AMYLOMALTASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 IN SPACE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fp9

タイトル

STRUCTURE OF AMYLOMALTASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 IN SPACE GROUP C2

要素

4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / alpha-amylase / glycosyl hydrolase / family 13 / glycosyltransferase / 4-alpha-glucanotransferase / D-enzyme / MalQ gene product / transglycosylation / amylose / crystal contacts

機能・相同性

機能・相同性情報

4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Uitdehaag, J.C.M. / Euverink, G.J. / van der Veen, B.A. / van der Maarel, M. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8 in space group C2
著者: Uitdehaag, J.C.M. / Euverink, G.J. / van der Veen, B.A. / van der Maarel, M. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2000年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fp9.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fp9.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fp9_validation.pdf.gz	414.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fp9_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	1fp9_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	1fp9_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/1fp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/1fp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fp8S 1cwy S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fp8-d 2owx-d 1esw-d 1cwy-d 3tcf-8 2owc-d 3tcf-4 1tz7-1 3d4g-6 1qka-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE

57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.913, 52.445, 104.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE / AMYLOMALTASE 分子量: 57263.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O87172, 4-alpha-glucanotransferase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 12% PEG 20000, 100 mM maleate buffer, 0.1% (w/v) maltotriose, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→52.2 Å / Num. all: 10520 / Num. obs: 10132 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.03 % / B_iso Wilson estimate: 65.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.17 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.24 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FP8

1fp8

解像度: 3.1→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Engh & Huber as implemented in CNS 1.0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	876	-	random
R_work	0.239	-	-	-
all	0.252	10476	-	-
obs	0.252	10095	96.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.5 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.5 Å	0.42 Å
Luzzati d res low	-	3.1 Å
Luzzati sigma a	0.63 Å	0.51 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4062	0	0	0	4062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.03138
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.003938
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	20.68967
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.69523
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.455
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.944
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	4.057
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.237

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関連情報:EMDBヘッダ

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