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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fp6 | ||||||
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タイトル | THE NITROGENASE FE PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII COMPLEXED WITH MGADP | ||||||
![]() | NITROGENASE IRON PROTEIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / nitrogen fixation / nuclotide / MgADP / Fe protein / Av2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jang, S.B. / Seefeldt, L.C. / Peters, J.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into nucleotide signal transduction in nitrogenase: structure of an iron protein with MgADP bound. 著者: Jang, S.B. / Seefeldt, L.C. / Peters, J.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 256.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 625.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 646.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | homodimer complexed with two molecules of MgADP |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31417.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, 0.1M Tris HCl, Sodium Acetate, Glycerol, pH 8.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 65315 / Num. obs: 65315 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Num. unique all: 3603 / % possible all: 69.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 210392 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.15→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |