+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fox | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11, 33 STRUCTURES | ||||||
要素 | L11-C76 | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING DOMAIN / L11-C76 / ALPHA-HELICAL PROTEIN / HOMEODOMAIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA | ||||||
データ登録者 | Markus, M.A. / Hinck, A.P. / Huang, S. / Draper, D.E. / Torchia, D.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: High resolution solution structure of ribosomal protein L11-C76, a helical protein with a flexible loop that becomes structured upon binding to RNA. 著者: Markus, M.A. / Hinck, A.P. / Huang, S. / Draper, D.E. / Torchia, D.A. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: The RNA Binding Domain of Ribosomal Protein L11 is Structurally Similar to Homeodomains 著者: Xing, Y. / Guha Thakurta, D. / Draper, D.E. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Cooperative Interactions of RNA and Thiostrepton Antibiotic with Two Domains of Ribosomal Protein L11 著者: Xing, Y. / Draper, D.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fox.cif.gz | 741.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fox.ent.gz | 624.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fox.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fox_validation.pdf.gz | 345.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1fox_full_validation.pdf.gz | 607.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fox_validation.xml.gz | 58.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fox_validation.cif.gz | 88.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/1fox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/1fox | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8152.554 Da / 分子数: 1 断片: CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN OF PROTEIN L11, RESIDUES THR 59 TO ASP 133 変異: INS(MET1) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BINDS SPECIFICALLY TO RNA 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 細胞株: BL21 / プラスミド: DERIVED FROM PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P56210 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: BUFFER: 10 MM K2HPO4, 25 MM KCL, 2MM MGCL2 |
-試料調製
試料状態 | pH: 6.1 / 温度: 298 K |
---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR software |
| ||||||||||||
精密化 | 手法: DGSA / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS OVER 0.3 A, NO ANGLE VIOLATIONS OVER 5 DEG 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 33 |