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万見
- PDB-1fn3: CRYSTAL STRUCTURE OF NICKEL RECONSTITUTED HEMOGLOBIN-A CASE FOR P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fn3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NICKEL RECONSTITUTED HEMOGLOBIN-A CASE FOR PERMANENT, T-STATE HEMOGLOBIN
要素
  • HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
  • HEMOGLOBIN BETA CHAIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / PERMANENT T-STATE / METAL ION COORDINATION / SUBUNIT INEQUIVALENCE / SPECTROSCOPY / CRYSTALLOGRAPHY. / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / oxygen carrier activity / hydrogen peroxide catabolic process / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Heme signaling / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / platelet aggregation / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Venkateshrao, S. / Deepthi, S. / Pattabhi, V. / Manoharan, P.T.
引用
ジャーナル: CURR.SCI. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Nickel Reconstituted Hemoglobin - A Case for Permanent, T-State Hemoglobin
著者: Venkateshrao, S. / Deepthi, S. / Pattabhi, V. / Manoharan, P.T.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Oxygen Binding by Alpha(Fe2+)2Beta(Ni2+)2 Hemoglobin Crystals
著者: Bruno, S. / Bettati, S. / Manfredini, M. / Mozzarelli, A. / Bolognesi, M. / Deriu, D. / Rosano, C. / Tsuneshige, A. / Yonetani, T. / Henry, E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: High Resolution Crystal Structures and Comparisons of T-State Deoxyhaemoglobin and Two Liganded T-State Haemoglobins:T(Alpha-Oxy)Haemoglobin and T(met)Haemoglobin
著者: Liddington, R. / Derewenda, Z. / Dodson, E. / Hubbard, R. / Dodson, G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Structure of Deoxy Quaternary Hemoglobin with Liganded Beta Subunits
著者: Luisi, B. / Liddington, B. / Fermi, G. / Shibayama, N.
履歴
登録2000年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
C: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
D: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5588
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4774
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.520, 96.138, 65.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN BETA CHAIN


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HNI / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II)


分子量: 619.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4NiO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %(w/v)PEG800011
24 %Hb solution11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→19.81 Å / Num. obs: 19946 / % possible obs: 91.37 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1549 / Net I/σ(I): 3.04
反射 シェル解像度: 2.48→2.6 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7552 / Mean I/σ(I) obs: 0.07 / % possible all: 71.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 19.8 Å / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.8 % / Num. measured all: 75819 / Rmerge(I) obs: 0.155

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
AUTOMARデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1THB

1thb


解像度: 2.48→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 118 4.098 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.4 19334 --
obs0.244 2888 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 172 38 4594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.242
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.241
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.059
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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