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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fkn | |||||||||
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タイトル | Structure of Beta-Secretase Complexed with Inhibitor | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's disease / beta-secretase / memapsin 2 / BASE / aspartic protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hong, L. / Koelsch, G. / Lin, X. / Wu, S. / Terzyan, S. / Ghosh, A. / Zhang, X.C. / Tang, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2000 タイトル: Structure of the protease domain of memapsin 2 (beta-secretase) complexed with inhibitor. 著者: Hong, L. / Koelsch, G. / Lin, X. / Wu, S. / Terzyan, S. / Ghosh, A.K. / Zhang, X.C. / Tang, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fkn.cif.gz | 176.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fkn.ent.gz | 138.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fkn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43627.191 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 22.5% PEG 8000, 0.1M Na-cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 144164 / Num. obs: 69056 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 68.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 144164 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 68.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→24.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 340489.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.74 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.274 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.248 |