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万見
- PDB-1fkk: ATOMIC STRUCTURE OF FKBP12, AN IMMUNOPHILIN BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fkk
タイトルATOMIC STRUCTURE OF FKBP12, AN IMMUNOPHILIN BINDING PROTEIN
要素FK506 BINDING PROTEIN
キーワードROTAMASE / FK506 BINDING PROTEIN / FKBP12 / CIS-TRANS PROLYL-ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of activin receptor signaling pathway / Calcineurin activates NFAT / : / cytoplasmic side of membrane / activin binding / heart trabecula formation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / ryanodine receptor complex ...mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of activin receptor signaling pathway / Calcineurin activates NFAT / : / cytoplasmic side of membrane / activin binding / heart trabecula formation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / ryanodine receptor complex / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / response to caffeine / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / SMAD binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of immune response / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcium channel inhibitor activity / heart morphogenesis / T cell proliferation / muscle contraction / supramolecular fiber organization / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / T cell activation / sarcoplasmic reticulum / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein ubiquitination / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytokine-mediated signaling pathway / Z disc / positive regulation of protein binding / regulation of protein localization / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / amyloid fibril formation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wilson, K.P. / Sintchak, M.D. / Thomson, J.A. / Navia, M.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Comparative X-ray structures of the major binding protein for the immunosuppressant FK506 (tacrolimus) in unliganded form and in complex with FK506 and rapamycin.
著者: Wilson, K.P. / Yamashita, M.M. / Sintchak, M.D. / Rotstein, S.H. / Murcko, M.A. / Boger, J. / Thomson, J.A. / Fitzgibbon, M.J. / Black, J.R. / Navia, M.A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: X-Ray Structure of Calcineurin Inhibited by the Immunophilin-Immunosuppressant Fkbp12-Fk506 Complex
著者: Griffith, J.P. / Kim, J.L. / Kim, E.E. / Sintchak, M.D. / Thomson, J.A. / Fitzgibbon, M.J. / Fleming, M.A. / Caron, P.R. / Hsiao, K. / Navia, M.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Improved Calcineurin Inhibition by Yeast Fkbp12-Drug Complexes
著者: Rotonda, J. / Burbaum, J.J. / Chan, H.K. / Marcy, A.I. / Becker, J.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Fk-506-Binding Protein: Three-Dimensional Structure of the Complex with the Antagonist L-685,818
著者: Becker, J.W. / Rotonda, J. / Mckeever, B.M. / Chan, H.K. / Marcy, A.I. / Wiederrecht, G. / Hermes, J.D. / Springer, J.P.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Atomic Structures of Human Immunophilin Fkbp12 Complexes with Fk506 and Rapamycin
著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
#5: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of the Rapamycin Human Immunophilin Fkbp-12 Complex
著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of Fkbp-Fk506, an Immunophilin-Immunosuppressant Complex
著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
履歴
登録1995年8月18日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FK506 BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8902
ポリマ－11,7941
非ポリマー961
水1,20767
1
A: FK506 BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: FK506 BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7814
ポリマ－23,5892
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area1360 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.100, 34.100, 202.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 FK506 BINDING PROTEIN / FKBP12


分子量: 11794.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MR 12,000 DALTONS / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: THYMUS / 参照: UniProt: P18203, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1140 mg/mlprotein 1drop
21.4-1.6 Msodium sulfate1reservoir
3100 mMcacodylate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 3977 / % possible obs: 68 % / Num. measured all: 10574 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MANUFACTURERSUPPLIED (MSC)データ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.158 -
obs0.158 3699
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数830 0 5 67 902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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