PDB-1fjv: THERMOLYSIN (60% ACETONITRILE SOAKED CRYSTALS)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fjv

タイトル

THERMOLYSIN (60% ACETONITRILE SOAKED CRYSTALS)

要素

THERMOLYSIN

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEINASE / ORGANIC SOLVENT

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 / 同系置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

English, A.C. / Groom, C.R. / Hubbard, R.E.

引用

ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2001
タイトル: Experimental and computational mapping of the binding surface of a crystalline protein.
著者: English, A.C. / Groom, C.R. / Hubbard, R.E.

履歴

登録	2000年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fjv.cif.gz	79.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fjv.ent.gz	59.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fj3C 1fjoC 1fjqC 1fjtC 1fjuC 1fjwC 1tli 2tli 3tli 4tli 5tli 6tli 7tli 8tli C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m65-d 3ms3-d 5tac-d 5dlh-d 2tlx-d 5tmn-d 1lne-d 5t9q-d 3p7u-d 1kro-d 4tnl-d 5l41-d 3t8g-d 6d5s-d 5hqd-d 3t87-d 4tli-d 5n2z-d 1fj3-d 3fcq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THERMOLYSIN

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.973, 93.973, 131.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	THERMOLYSIN 分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4.6MM THERMOLYSIN, 45% DMSO, 50MM TRIS-HCL, 2.5M CSCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: unknown
詳細: English, A.C., (1999) Proteins Struct.Funct.Genet., 37, 628.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	4.6 mM	protein	1	1
2	45 %	DMSO	1	1
3	50 mM	Tris-HCl	1	1
4	2.5 M		1	1	CsCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. all: 203746 / Num. obs: 24354 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3391 / % possible all: 94
反射シェル	PLUS % possible obs*: 94 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 2→20 Å / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: maximum likelihood procedure used At this concentration (60% acetonitrile) there are no features in the electron density maps that could be interpreted as being due to acetonitrile or the dipeptide.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	1143	5 %
R_work	0.153	-	-
all	0.151	-	-
obs	-	24354	96 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2454	0	9	176	2639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	o_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_deg	0.031

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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