[日本語] English
万見
- PDB-1fiu: TETRAMERIC RESTRICTION ENDONUCLEASE NGOMIV IN COMPLEX WITH CLEAVED DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fiu
タイトルTETRAMERIC RESTRICTION ENDONUCLEASE NGOMIV IN COMPLEX WITH CLEAVED DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME NGOMI
キーワードhydrolase/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / RESTRICTION ENDONUCLEASE / RESTRICTION-MODIFICTION SYSTEMS / HYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / METAL ION / COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA) / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type-2 restriction enzyme NgoMIV / Type-2 restriction enzyme NgoMIV / Type-2 restriction enzyme NgoMIV superfamily / NgoMIV restriction enzyme / Restriction endonuclease type II-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DNA / Type II restriction enzyme NgoMIV
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Deibert, M. / Grazulis, S. / Sasnauskas, G. / Siksnys, V. / Huber, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the tetrameric restriction endonuclease NgoMIV in complex with cleaved DNA.
著者: Deibert, M. / Grazulis, S. / Sasnauskas, G. / Siksnys, V. / Huber, R.
履歴
登録2000年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME NGOMI
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME NGOMI
C: TYPE II RESTRICTION ENZYME NGOMI
D: TYPE II RESTRICTION ENZYME NGOMI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,90324
ポリマ－140,46812
非ポリマー43512
水23,0411279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.400, 91.130, 149.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 EFGHIJKL

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1206.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 2099.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質
TYPE II RESTRICTION ENZYME NGOMI / E.C.3.1.21.4 / NGOMIV RESTRICTION ENDONUCLEASE / ENDONUCLEASE NGOMI / R.NGOMI


分子量: 31810.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P31032, type II site-specific deoxyribonuclease

-
非ポリマー , 3種, 1291分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES 100mM, MgCl2 200mM, MPD 25%, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2MgCl211
3MPD11
4MES12
5MgCl212
6MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 %(v/w)MPD1reservoir
2200 mM1reservoirMgCl2
30.1 MMES1reservoirpH6.5
40.2 mMprotein1drop
520 mMTris-HCl1droppH7.5
6200 mM1dropNaCl
70.02 %(w/v)1dropNaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.0697
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→17.26 Å / Num. all: 162845 / Num. obs: 160528 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル最高解像度: 1.6 Å / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 2553379
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.6→17.26 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 16061 10 %RANDOM
Rwork0.1729 ---
all-162845 --
obs-160612 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→17.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8952 892 8 1295 11147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.567
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る