+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fid | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF HUMAN GAMMA FIBRINOGEN 30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT | ||||||
要素 | GAMMA FIBRINOGEN | ||||||
キーワード | BLOOD COAGULATION FACTOR / BLOOD COAGULATION / GLYCOPROTEIN / CALCIUM / PLATELET / PLASMA / ALTERNATIVE SPLICING / DISEASE MUTATION / POLYMORPHISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extracellular matrix structural constituent ...platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extracellular matrix structural constituent / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / cellular response to interleukin-1 / protein secretion / protein polymerization / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / cell adhesion molecule binding / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet aggregation / response to calcium ion / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yee, V.C. / Teller, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of a 30 kDa C-terminal fragment from the gamma chain of human fibrinogen. 著者: Yee, V.C. / Pratt, K.P. / Cote, H.C. / Trong, I.L. / Chung, D.W. / Davie, E.W. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fid.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fid.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fid_validation.pdf.gz | 411.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1fid_full_validation.pdf.gz | 412.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fid_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fid_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30243.422 Da / 分子数: 1 / 断片: 30 KD CARBOXYL TERMINAL FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN FIBRINOGEN GAMMA CHAIN C / 器官: BLOOD / プラスミド: PPIC9K 遺伝子 (発現宿主): HUMAN FIBRINOGEN GAMMA CHAIN CDNA ENCODING VAL 143 - VAL 411 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02679 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6. | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月8日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 16754 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|