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- PDB-1fia: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FACTOR FOR INVERSION STIMULATION FIS AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fia
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FACTOR FOR INVERSION STIMULATION FIS AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素FACTOR FOR INVERSION STIMULATION (FIS)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / response to radiation ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / response to radiation / protein-DNA complex / nucleosome / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Fis / : / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein Fis
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kostrewa, D. / Granzin, J. / Choe, H.-W. / Labahn, J. / Saenger, W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of the factor for inversion stimulation FIS at 2.0 A resolution.
著者: Kostrewa, D. / Granzin, J. / Stock, D. / Choe, H.W. / Labahn, J. / Saenger, W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of the E. Coli DNA-Binding Protein FIS
著者: Kostrewa, D. / Granzin, J. / Koch, C. / Choe, H.-W. / Raghunathan, S. / Wolf, W. / Labahn, J. / Kahmann, R. / Saenger, W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization of the DNA-Binding Escherichia Coli Protein FIS
著者: Choe, H.-W. / Labahn, J. / Itoh, S. / Koch, C. / Kahmann, R. / Saenger, W.
履歴
登録1991年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf ...pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FACTOR FOR INVERSION STIMULATION (FIS)
B: FACTOR FOR INVERSION STIMULATION (FIS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5062
ポリマ－22,5062
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.390, 50.980, 79.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES VAL 10 AND LYS 25 IN BOTH CHAINS WERE MODELLED AS ALANINE.

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要素

#1: タンパク質 FACTOR FOR INVERSION STIMULATION (FIS)


分子量: 11252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FIS / 遺伝子 (発現宿主): FIS / 参照: UniProt: P0A6R3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HELICES C AND D OF EACH CHAIN FORM THE HELIX-TURN-HELIX MOTIF FOR DNA BINDING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120-30 mg/mlFIS1drop
20.5 M1dropNaCl
31 mM1dropNaN3
410 mMTris-HCl1drop
51.5 Msodium/potassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. all: 12719 / Num. obs: 8221 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 44050

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.192 / 最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 0 82 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 12719
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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