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- PDB-1fi6: SOLUTION STRUCTURE OF THE REPS1 EH DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fi6
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE REPS1 EH DOMAIN
要素EH DOMAIN PROTEIN REPS1
キーワードendocytosis/exocytosis / EPS15 HOMOLOGY DOMAIN / EF HAND / CALCIUM / RAS SIGNAL TRANSDUCTION / endocytosis-exocytosis COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / endosomal transport / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / endocytosis / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RalBP1-associated Eps domain-containing protein 1 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...RalBP1-associated Eps domain-containing protein 1 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RalBP1-associated Eps domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kim, S. / Baleja, J.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the Reps1 EH domain and characterization of its binding to NPF target sequences.
著者: Kim, S. / Cullis, D.N. / Feig, L.A. / Baleja, J.D.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 2000
タイトル: Chapter 3: Studies of Protein Structure and Interaction using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy:Applications to the Reps1 EH Domain and MicrocinB17 Propeptide
著者: Kim, S.
履歴
登録2000年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH DOMAIN PROTEIN REPS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6872
ポリマ－10,6471
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 EH DOMAIN PROTEIN REPS1


分子量: 10647.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54916
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
143DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using heteronuclear 2D and 3D NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Reps1 EH domain U-15N,13C; 10mM d-imidazole buffer, 1.5mM CaCl2; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM Reps1 EH domain U-15N; 10mM d-imidazole buffer, 1.5mM CaCl2; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM Reps1 EH domain; 10mM d-imidazole buffer, 1.5mM CaCl299% D2O
試料状態イオン強度: 10mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 30 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.7Brukercollection
XwinNMR1.7Bruker解析
Felix1.1.2Hare/Biosymデータ解析
X-PLOR3.1Brunger/Biosym構造決定
X-PLOR3.1Brunger/Biosym精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1265 restraints, 1143 are NOE-derived distance constraints, 122 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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