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- PDB-1fi2: CRYSTAL STRUCTURE OF GERMIN (OXALATE OXIDASE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fi2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GERMIN (OXALATE OXIDASE)
要素OXALATE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-jellyroll
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate oxidase / oxalate oxidase activity / superoxide dismutase complex / apoplast / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / cell wall organization / manganese ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Germin, manganese binding site / Germin family signature. / Germin / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...Germin, manganese binding site / Germin family signature. / Germin / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Oxalate oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Woo, E.J. / Dunwell, J.M. / Goodenough, P.W. / Marvier, A.C. / Pickersgill, R.W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Germin is a manganese containing homohexamer with oxalate oxidase and superoxide dismutase activities.
著者: Woo, E.J. / Dunwell, J.M. / Goodenough, P.W. / Marvier, A.C. / Pickersgill, R.W.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Barley Oxalate Oxidase is a Hexameric Protein Related to Seed Storage Proteins: Evidence from X-ray Crystallography
著者: Woo, E.J. / Dunwell, J.M. / Goodenough, P.W. / Pickersgill, R.W.
履歴
登録2000年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXALATE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2922
ポリマ－21,2371
非ポリマー551
水4,558253
1
A: OXALATE OXIDASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,75312
ポリマ－127,4236
非ポリマー3306
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area34040 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area36900 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.593, 95.593, 107.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 OXALATE OXIDASE / GERMIN


分子量: 21237.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P45850, oxalate oxidase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The germin dimer is structurally related to the 7S seed storage protein monomer (eg phaseolin ...The germin dimer is structurally related to the 7S seed storage protein monomer (eg phaseolin monomer). Each germin monomer binds a single manganese ion.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 5.3 / 詳細: Woo, E.J., (1998) FEBS Lett., 437, 87.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
35 %2-propanol1reservoir
420 %glycerol1reservoircryoprotectant
58 %2-propanol1reservoircryoprotectant

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンSRS PX9.610.87
回転陽極MACSCIENCE21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年7月11日
MACSCIENCE2IMAGE PLATE1999年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
21.54181
反射解像度: 1.6→12 Å / Num. all: 24846 / Num. obs: 23707 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Num. unique all: 2084 / % possible all: 85.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→12.4 Å / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1199 5 %Random
Rwork0.196 ---
all0.194 24846 --
obs-23707 95.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→12.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1491 0 1 253 1745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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