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- PDB-1fi1: FhuA in complex with lipopolysaccharide and rifamycin CGP4832 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fi1
タイトルFhuA in complex with lipopolysaccharide and rifamycin CGP4832
要素FERRICHROME-IRON RECEPTOR
キーワードMETAL TRANSPORT / Outer membrane protein / TonB-dependent receptor / FhuA / siderophore receptor / integral membrane protein / lipopolysaccharide / rifamycin CGP 4832 / beta-barrel / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / transmembrane transporter complex / toxic substance binding / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / DIPHOSPHATE / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / RIFAMYCIN CGP 4832 / Ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ferguson, A.D. / Koedding, J. / Boes, C. / Walker, G. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Braun, V. / Welte, W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Active transport of an antibiotic rifamycin derivative by the outer-membrane protein FhuA.
著者: Ferguson, A.D. / Kodding, J. / Walker, G. / Bos, C. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Braun, V. / Welte, W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: A conserved structural motif for lipopolysaccharide recognition by procaryotic and eucaryotic proteins
著者: Ferguson, A.D. / Welte, W. / Hofmann, E. / Lindner, B. / Holst, O. / Coulton, J.W. / Diederichs, K.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the antibiotic albomycin in complex with the outer membrane transporter FhuA
著者: Ferguson, A.D. / Braun, V. / Fiedler, H.-P. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Siderophore-mediated iron transport: Crystal structure of FhuA with bound lipopolysaccharide
著者: Ferguson, A.D. / Hofmann, E. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2000年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月20日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年12月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRICHROME-IRON RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,46717
ポリマ－78,2301
非ポリマー5,23716
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.820, 172.820, 87.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 FERRICHROME-IRON RECEPTOR


分子量: 78230.078 Da / 分子数: 1
変異: HEXAHISTIDINE TAG PLUS FIVE LINKER RESIDUES HAVE BEEN GENETICALLY INSERTED AFTER RESIDUE 405 OF THE MATURE SEQUENCE
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06971
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)]L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1989.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/6,11,10/[a2122h-1a_1-5_2*N][a2d22h-1a_1-5_2*N][Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-3-4-4-5-5-5-6-4/a6-b1_b6-c2_c4-d2_c5-e1_e3-f1_f3-g1_f7-k1_g3-h1_g6-j1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-3-deoxy-GlcpN]{[(6+1)][b-D-3-deoxy-GlcpN]{[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}[(5+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}[(6+1)][a-D-Galp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 9種, 194分子

#3: 化合物
ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸


分子量: 244.370 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#9: 化合物 ChemComp-RIF / RIFAMYCIN CGP 4832


分子量: 936.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H65N3O15
#10: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM sodium cacodylate, 12% PEG 2,000 MME, 3% PEG 200, 1% cis-inositol, 20% glycerol, 1 mM rifamycin CGP 4832, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 詳細: Ferguson, A.D., (1998) Protein Sci., 7, 1636.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-20 mg/mlprotein1drop
213-16 %PEG60001reservoir
3100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 33363 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.83 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 4.83 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Num. unique all: 33363 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 161168
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 467052.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1542 4.7 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 33363 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.07 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.26 Å2-0.94 Å20 Å2
2---16.26 Å20 Å2
3---32.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5523 0 328 179 6030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 201 3.6 %
Rwork0.329 5307 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 68.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.387 / % reflection Rfree: 3.6 % / Rfactor Rwork: 0.329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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