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- PDB-1fhw: Structure of the pleckstrin homology domain from GRP1 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fhw
タイトルStructure of the pleckstrin homology domain from GRP1 in complex with inositol(1,3,4,5,6)pentakisphosphate
要素GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR AND INTEGRIN BINDING PROTEIN HOMOLOG GRP1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PLECKSTRIN / 3-PHOSPHOINOSITIDES / INOSITOL TETRAKISPHOSPHATE SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / bicellular tight junction / ruffle / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction ...Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / bicellular tight junction / ruffle / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. ...Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE / : / Cytohesin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferguson, K.M. / Kavran, J.M. / Sankaran, V.G. / Fournier, E. / Isakoff, S.J. / Skolnik, E.Y. / Lemmon, M.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Structural basis for discrimination of 3-phosphoinositides by pleckstrin homology domains
著者: Ferguson, K.M. / Kavran, J.M. / Sankaran, V.G. / Fournier, E. / Isakoff, S.J. / Skolnik, E.Y. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2000年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR AND INTEGRIN BINDING PROTEIN HOMOLOG GRP1
B: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR AND INTEGRIN BINDING PROTEIN HOMOLOG GRP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6955
ポリマ－30,4392
非ポリマー1,2563
水2,954164
1
A: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR AND INTEGRIN BINDING PROTEIN HOMOLOG GRP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7992
ポリマ－15,2191
非ポリマー5801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR AND INTEGRIN BINDING PROTEIN HOMOLOG GRP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8963
ポリマ－15,2191
非ポリマー6762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.970, 72.220, 46.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer constructed from chain A or chain B

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要素

#1: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR AND INTEGRIN BINDING PROTEIN HOMOLOG GRP1 / GRP1


分子量: 15219.406 Da / 分子数: 2 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH INOSITOL (1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2183209, UniProt: O08967*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-I5P / INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE


分子量: 580.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H17O21P5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 8000, SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULFATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12-10 %PEG80001reservoir
250 mMsodium acetate1reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir
415 mg/mlprotein1drop
510 mMMES1drop
6100 mM1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 53932 / Num. obs: 18374 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 80.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 53932
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→46.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1114520.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1795 9.8 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.229 18358 --
obs0.229 18358 91.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.4 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.34 Å20 Å2-8.01 Å2
2---5.66 Å20 Å2
3----3.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 69 164 2245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.772.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 225 10.2 %
Rwork0.229 1972 -
obs--66.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PARAM.IP5TOP.IP5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.284 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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