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- PDB-1fhg: HIGH RESOLUTION REFINEMENT OF TELOKIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fhg
タイトルHIGH RESOLUTION REFINEMENT OF TELOKIN
要素TELOKIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / immunoglobulin fold / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / myosin light chain kinase activity / cleavage furrow / stress fiber / lamellipodium / calmodulin binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / IR / 解像度: 2 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Minor, W. / Kiyatkin, A. / Lewinski, K. / Somlyo, A.V. / Somlyo, A.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: X-ray structure determination of telokin, the C-terminal domain of myosin light chain kinase, at 2.8 A resolution.
著者: Holden, H.M. / Ito, M. / Hartshorne, D.J. / Rayment, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: X-Ray Structure Determination of Telokin, the C-terminal Domain of Myosin Light Chain Kinase, at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Holden, H.M. / Ito, M. / Hartshorne, D.J. / Rayment, I.
#2: ジャーナル: ACTA PHYSIOL.SCAND. / 年: 1998
タイトル: Regulation of the Cross-bridge Cycle: the Effects of MgADP, LC17 Isoforms and Telokin.
著者: Somlyo, A.V. / Matthew, J.D. / Wu, X. / Khromov, A.S. / Somlyo, A.P.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Acceleration of Myosin Light Chain Dephosphorylation and Relaxation of Smooth Muscle by Telokin. Synergism with Cyclic Nucleotide-activated Kinase.
著者: Wu, X. / Haystead, T.A. / Nakamoto, R.K. / Somlyo, A.V. / Somlyo, A.P.
履歴
登録2000年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TELOKIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9741
ポリマ－16,9741
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.710, 63.710, 58.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-277-

HOH

21A-279-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TELOKIN


分子量: 16974.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
組織: GIZZARD / 参照: UniProt: P56276
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG6000, sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→20 Å / Num. all: 9904 / Num. obs: 9904 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 967 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: IR
開始モデル: 1tlk

1tlk


解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 506 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.233 9598 --
obs0.233 9598 99.5 %-
溶媒の処理Bsol: 52.72 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.801 Å2-4.624 Å20 Å2
2---2.801 Å20 Å2
3---5.602 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数814 0 0 82 896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.669
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.771
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.046
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.052.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 49 5 %
Rwork0.267 888 -
obs--99.79 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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