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- PDB-1ffz: LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH R(CC)-DA-PUROMYCIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ffz
タイトルLARGE RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH R(CC)-DA-PUROMYCIN
要素
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • R(P*CP*C*)-D(P*A)-R(P*(PU))
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / RNA-RNA complex / Ribozyme / ribosomal RNA
機能・相同性: / DNA/RNA hybrid / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis.
著者: Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Placement of protein and RNA structures into a 5 A-resolution map of the 50S ribosomal subunit
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Capel, M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: An inhibitor of ribosomal peptidyl transferase using transition-state analogy
著者: Welch, M. / Chastang, J. / Yarus, M.
履歴
登録2000年7月26日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S RIBOSOMAL RNA
B: R(P*CP*C*)-D(P*A)-R(P*(PU))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,2642
ポリマ－196,2642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.000, 300.000, 574.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 194851.688 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN V OF 23S RIBOSOMAL RNA / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779
#2: DNA/RNAハイブリッド R(P*CP*C*)-D(P*A)-R(P*(PU))


分子量: 1412.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: AN ANALOG OF A-SITE AMINOACYL-TRNA AND P-SITE PEPTIDYL-TRNA AS THEY ARE COVALENTLY LINKED BY THE TETRAHEDRAL CARBONYL CARBON INTERMEDIATE IN PEPTIDE BOND FORMATION. CONTAINS PU, PUROMYCIN-N-AMINOPHOSPHONIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: PEG 6000, KCl, NH4Cl, potassium acetate, MgCl2, CdCl2, Tris-MES. Complex obtained by crystal soaking in 0.1 mM rCC-dA-p-Puromycin, pH 5.8, Back-extraction, vapor diffusion, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2NH4Cl11
3MgCl211
4CdCl211
5potassium acetate11
6Tris-MES11
7PEG 600011
8PEG 600012
結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: unknown / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式Sol-ID
11.2 M1KCl
20.5 M1NH4Cl
3100 mMKacetate1
430 mM1MgCl2
57 %PEG60001
615 mMTris1
715 mMMES1
81 mM1CdCl21

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→70 Å / Num. all: 367284 / Num. obs: 367284 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.17→3.23 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 2590726
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
Oモデル構築
CNS位相決定
精密化解像度: 3.2→70 Å / Num. reflection all: 367284 / Num. reflection obs: 367284 / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: The structure has been obtained by fitting to the experimental map. No refinement has been performed at this stage
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 10725 0 0 10725
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 70 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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