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- PDB-1ffj: NMR STRUCTURE OF CARDIOTOXIN IN DPC-MICELLE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ffj
タイトルNMR STRUCTURE OF CARDIOTOXIN IN DPC-MICELLE
要素CYTOTOXIN 2
キーワードTOXIN / all-beta sheet protein / membrane perturbation
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja oxiana (コブラ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Dubovskii, P.V. / Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Utkin, Y.N. / Arseniev, A.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Membrane binding motif of the P-type cardiotoxin.
著者: Dubovskii, P.V. / Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Utkin, Y.N. / Arseniev, A.S.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Two forms of Cytotoxin II (cardiotoxin) from Naja naja oxiana in Aqueous Solution. Spatial Structures with Tightly Bound Water Molecules
著者: Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOTOXIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6481
ポリマ－6,6481
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 220target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 CYTOTOXIN 2 / CARDIOTOXIN


分子量: 6648.238 Da / 分子数: 1 / 断片: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja oxiana (コブラ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P01441
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141ROESY
152DQF-COSY
1622D NOESY
172TOCSY
281ROESY
291DQF-COSY
21012D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. Sites of tightly bound water molecules were determined as in Dementieva et al., Eur.J.Biochem.1999,263,152-162.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mM Cardiotoxin (cytotoxin II); 120 mM perdeuterated dodecylphosphocholine90% H2O/10% D2O
23mM Cardiotoxin (cytotoxin II); 120 mM perdeuterated dodecylphosphocholine100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10M NaCl 5.5ambient 318 K
20M NaCl 5.5ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1AVarian softwarecollection
XEASY1.2.11Xia, T. & Bartels, C.データ解析
DYANA1.5Guentert, P. & Mumenthaler, C.構造決定
DYANA1.5Guentert, P. & Mumenthaler, C.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on a total of 368 NOE-derived constraints, 154 dihedral angle restraints, 248 distance restraints from hydrogen bonds and disulfides
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 220 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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