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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ffj | ||||||
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タイトル | NMR STRUCTURE OF CARDIOTOXIN IN DPC-MICELLE | ||||||
要素 | CYTOTOXIN 2 | ||||||
キーワード | TOXIN / all-beta sheet protein / membrane perturbation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Naja oxiana (コブラ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Dubovskii, P.V. / Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Utkin, Y.N. / Arseniev, A.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Membrane binding motif of the P-type cardiotoxin. 著者: Dubovskii, P.V. / Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Utkin, Y.N. / Arseniev, A.S. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999 タイトル: Two forms of Cytotoxin II (cardiotoxin) from Naja naja oxiana in Aqueous Solution. Spatial Structures with Tightly Bound Water Molecules 著者: Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Arseniev, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ffj.cif.gz | 349.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ffj.ent.gz | 303.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ffj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ffj_validation.pdf.gz | 338.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ffj_full_validation.pdf.gz | 456.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ffj_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ffj_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/1ffj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/1ffj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6648.238 Da / 分子数: 1 / 断片: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja oxiana (コブラ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P01441 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. Sites of tightly bound water molecules were determined as in Dementieva et al., Eur.J.Biochem.1999,263,152-162. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: structures are based on a total of 368 NOE-derived constraints, 154 dihedral angle restraints, 248 distance restraints from hydrogen bonds and disulfides | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 220 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |