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- PDB-1ff4: X-RAY STRUCTURE OF MUSCARINIC TOXIN 2 AT 1.5 ANGSTROM RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ff4
タイトルX-RAY STRUCTURE OF MUSCARINIC TOXIN 2 AT 1.5 ANGSTROM RESOLUTION
要素MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN
キーワードTOXIN / three fingers motif
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscarinic toxin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Menez, R. / Le Du, M.H. / Gaucher, J.F. / Menez, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of muscarinic toxin 2 at 1.5 Angstrom resolution
著者: Menez, R. / Le Du, M.H. / Gaucher, J.F. / Menez, A.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1892
ポリマ－7,0931
非ポリマー961
水1,38777
1
A: MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3784
ポリマ－14,1862
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-y+1,x-y,z-1/31
2
A: MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3784
ポリマ－14,1862
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area1690 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area7160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.000, 63.000, 37.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer constructed by crystallographic two-fold symmetry

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要素

#1: タンパク質 MUSCARINIC TOXIN/ACETYLCHOLINE RECEPTOR BINDING PROTEIN / MUSCARINIC THREE-FINGERS TOXIN


分子量: 7093.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P18328
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: Ammonium Sulfate, Tampon sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 13168 / Num. obs: 108000 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化解像度: 1.5→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: xplor / 詳細: used simulated annealing procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 642 -random
Rwork0.205 ---
all0.21 12710 --
obs0.21 13168 5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数490 0 5 77 572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.595
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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