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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fev | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALA4AIB MUTATION IN RNASE S | ||||||
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![]() | HYDROLASE / alpha aminoisobutyric acid / AIB | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and thermodynamic consequences of introducing alpha-aminoisobutyric acid in the S peptide of ribonuclease S. 著者: Ratnaparkhi, G.S. / Awasthi, S.K. / Rani, P. / Balaram, P. / Varadarajan, R. #1: ![]() タイトル: Thermodynamic and Structural Studies of Cavity Formation in Proteins Suggest that Loss of Packing Interactions Rather than the Hydrophobic Effect Dominates the Observed Energetics 著者: Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. #2: ![]() タイトル: X-ray Crystallographic Studies of the Denaturation of Ribonuclease S 著者: Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1748.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: S peptide is a 16 residue synthetic peptide with Ala4Aib replacement 参照: UniProt: P61823 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11294.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 3M CsCl, 35% Ammonium Sulphate, 50 mM Sodium Acetate, pH=5.75 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 52509 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.26 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique all: 739 / % possible all: 83.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 7
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.326 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor Rwork: 0.305 |