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- PDB-1feu: CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN TL5, ONE OF THE CTC FAMILY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1feu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN TL5, ONE OF THE CTC FAMILY PROTEINS, COMPLEXED WITH A FRAGMENT OF 5S RRNA.
要素
  • 19 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
  • 21 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
  • 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
キーワードRIBOSOME / general stress protein CTC / 5S rRNA-protein complex / cadmium ions
機能・相同性
機能・相同性情報


5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L25; Chain P / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 ...Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal Protein L25; Chain P / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Beta Complex / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fedorov, R.V. / Meshcheryakov, V.A. / Gongadze, G.M. / Fomenkova, N.P. / Nevskaya, N.A. / Selmer, M. / Laurberg, M. / Kristensen, O. / Al-Karadaghi, S. / Liljas, A. ...Fedorov, R.V. / Meshcheryakov, V.A. / Gongadze, G.M. / Fomenkova, N.P. / Nevskaya, N.A. / Selmer, M. / Laurberg, M. / Kristensen, O. / Al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Garber, M.B. / Nikonov, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of ribosomal protein TL5 complexed with RNA provides new insights into the CTC family of stress proteins.
著者: Fedorov, R. / Meshcheryakov, V. / Gongadze, G. / Fomenkova, N. / Nevskaya, N. / Selmer, M. / Laurberg, M. / Kristensen, O. / Al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Garber, M. / Nikonov, S.
履歴
登録2000年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 19 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
C: 21 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
E: 19 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
F: 21 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,37336
ポリマ－72,4996
非ポリマー1,87530
水5,314295
1
B: 19 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
C: 21 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,07015
ポリマ－36,2493
非ポリマー82012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 19 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
F: 21 NT FRAGMENT OF 5S RRNA
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,30421
ポリマ－36,2493
非ポリマー1,05418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.904, 109.904, 137.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3112

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要素

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#1: RNA鎖 19 NT FRAGMENT OF 5S RRNA


分子量: 6206.706 Da / 分子数: 2 / 断片: INCLUDES LOOP E AND HELIX IV / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 21 NT FRAGMENT OF 5S RRNA


分子量: 6790.141 Da / 分子数: 2 / 断片: INCLUDES LOOP E AND HELIX IV / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#3: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / RIBOSOMAL PROTEIN TL5


分子量: 23252.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
解説: BACTERIA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56930

-
非ポリマー , 3種, 325分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.79 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12-4 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium cacodylate1drop
3100 mM1dropMgCl2
44 mM1dropCdCl2
57 %MPD1drop
6200 mM1reservoirKCl
712 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンMAX II I71111.108
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A20.9794
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年5月1日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1081
20.97941
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 41886 / Num. obs: 41886 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 44.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Num. unique all: 2067 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 188440
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
CNS精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3722 10 %random
Rwork0.208 ---
all-40543 --
obs-37059 91.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 1722 30 295 5025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0056
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1819
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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