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- PDB-1fep: FERRIC ENTEROBACTIN RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fep
タイトルFERRIC ENTEROBACTIN RECEPTOR
要素FERRIC ENTEROBACTIN RECEPTOR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE / IRON TRANSPORT / TRANSPORT / TONB / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ferric-enterobactin transmembrane transporter activity / ferric-enterobactin import into cell / colicin transport / siderophore-dependent iron import into cell / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / cell envelope / ligand-gated channel activity / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport ...ferric-enterobactin transmembrane transporter activity / ferric-enterobactin import into cell / colicin transport / siderophore-dependent iron import into cell / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / cell envelope / ligand-gated channel activity / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / protein domain specific binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrienterobactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Buchanan, S.K. / Smith, B.S. / Ventatramani, L. / Xia, D. / Esser, L. / Palnitkar, M. / Chakraborty, R. / Van Der Helm, D. / Deisenhofer, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the outer membrane active transporter FepA from Escherichia coli.
著者: Buchanan, S.K. / Smith, B.S. / Venkatramani, L. / Xia, D. / Esser, L. / Palnitkar, M. / Chakraborty, R. / van der Helm, D. / Deisenhofer, J.
履歴
登録1998年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRIC ENTEROBACTIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3641
ポリマ－80,3641
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.300, 127.600, 135.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 FERRIC ENTEROBACTIN RECEPTOR / FEPA


分子量: 80363.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GENE: FEPA / 由来: (天然) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 参照: UniProt: P05825
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17.5 mg/mlprotein1drop
214-18 %PEG10001drop
30.05 Mtricine1drop
40.0125 MMOPS1drop
50.055 %LDAO1drop
60.35 M1dropNaCl
71.75 %heptane-1,2,3-triol1drop
815 %glycerol1drop
92 mM1dropNaN3
1028-32 %PEG10001reservoir
1110 mMdithiothreitol1reservoir
120.1 Mtricine1reservoir
130.06 %LDAO1reservoir
140.35 M1reservoirNaCl
1510 %glycerol1reservoirand reservoir 2mM NaN3

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.9792,0.9789,0.9686,0.9871,1.6024
シンクロトロンNSLS X12B2
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97891
30.96861
40.98711
51.60241
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 72601 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 409519
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.3C精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SIDE CHAINS WERE NOT BUILT FOR RESIDUES GLN335, SER378, SER379, ASN380, THR381, GLN382, ASP400, LYS 483, GLN485, AND CYS494 (WEAK ELECTRON DENSITY)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1782 4.6 %RANDOM
Rwork0.2362 ---
obs-37167 96.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.62 Å20 Å20 Å2
2---30.4 Å20 Å2
3---17.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5300 0 0 214 5514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.292
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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