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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fdo | ||||||
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タイトル | OXIDIZED FORM OF FORMATE DEHYDROGENASE H FROM E. COLI | ||||||
要素 | FORMATE DEHYDROGENASE H | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SELENIUM / SELENOCYSTEINE / SECYS / MOLYBDENUM / MOLYBDOPTERIN / MPT / MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE / MGD / IRON SULFUR CLUSTER / FE4S4 / FORMATE / DEHYDROGENASE / ANAEROBIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formate dehydrogenase (hydrogenase) / formate oxidation / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / formate dehydrogenase complex / formate dehydrogenase (NAD+) activity / glucose catabolic process / anaerobic electron transport chain / : / urate catabolic process / molybdopterin cofactor binding ...formate dehydrogenase (hydrogenase) / formate oxidation / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / formate dehydrogenase complex / formate dehydrogenase (NAD+) activity / glucose catabolic process / anaerobic electron transport chain / : / urate catabolic process / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / anaerobic respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER ANALYSIS USING PHASES FROM THE STRUCTURE OF REDUCED FDH-H (PDB ENTRY 1AA6) / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, P.D. / Boyington, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of formate dehydrogenase H: catalysis involving Mo, molybdopterin, selenocysteine, and an Fe4S4 cluster. 著者: Boyington, J.C. / Gladyshev, V.N. / Khangulov, S.V. / Stadtman, T.C. / Sun, P.D. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Characterization of Crystalline Formate Dehydrogenase H from Escherichia Coli. Stabilization, Epr Spectroscopy, and Preliminary Crystallographic Analysis 著者: Gladyshev, V.N. / Boyington, J.C. / Khangulov, S.V. / Grahame, D.A. / Stadtman, T.C. / Sun, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fdo.cif.gz | 155.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fdo.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fdo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fdo_validation.pdf.gz | 994.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fdo_full_validation.pdf.gz | 1021.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fdo_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fdo_validation.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fdo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79465.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXIDIZED FORM (MO(VI),FE4S4(OX)) OF FDH-H / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: FM911 / 解説: FDH-H WAS EXPRESSED ANAEROBICALLY / 遺伝子: FDHF / プラスミド: PFM20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07658, formate dehydrogenase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-6MO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: vapor diffusion - hanging drop in anaerobic atmosphere pH: 7.5 詳細: FDH-H WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION IN AN ANAEROBIC ATMOSPHERE IN THE PRESENCE OF 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 1% PEG 400, 20 MM SODIUM FORMATE AND 100 MM HEPES/NAOH AT PH 7.5. ...詳細: FDH-H WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION IN AN ANAEROBIC ATMOSPHERE IN THE PRESENCE OF 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 1% PEG 400, 20 MM SODIUM FORMATE AND 100 MM HEPES/NAOH AT PH 7.5. PRIOR TO FREEZING IN LIQUID NITROGEN, CRYSTALS WERE OXIDIZED BY SOAKING IN 10 MM BENZYL VIOLOGEN FOR 30 MINUTES., vapor diffusion - hanging drop in anaerobic atmosphere | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 20861 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 91.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 84166 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER ANALYSIS USING PHASES FROM THE STRUCTURE OF REDUCED FDH-H (PDB ENTRY 1AA6) 解像度: 2.8→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.231 |