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- PDB-1fcq: CRYSTAL STRUCTURE (MONOCLINIC) OF BEE VENOM HYALURONIDASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fcq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE (MONOCLINIC) OF BEE VENOM HYALURONIDASE
要素HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / 7-stranded (beta/alpha) TIM barrel / glycosidase family 56 / allergen
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronoglucosaminidase / hyalurononglucosaminidase activity / hyaluronan catabolic process / defense response / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 56, bee venom hyaluronidase / Hyaluronidase / Hyaluronidase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Markovic-Housley, Z. / Miglierini, G. / Soldatova, L. / Mueller, U. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of hyaluronidase, a major allergen of bee venom.
著者: Markovic-Housley, Z. / Miglierini, G. / Soldatova, L. / Rizkallah, P.J. / Muller, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2000年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYALURONOGLUCOSAMINIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9011
ポリマ－40,9011
非ポリマー00
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.886, 90.229, 49.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HYALURONOGLUCOSAMINIDASE / HYALURONIDASE / API M II


分子量: 40901.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
Cell (発現宿主): HIGH-FIVE INSECT CELLS / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08169, hyaluronoglucosaminidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 6000, NaCl, acetic acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mMsodium acetate1drop
28-10 mg/mlprotein1drop
310 %PEG60001reservoir
41.0 M1reservoirNaCl
520 mMacetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 43930 / Num. obs: 43930 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / % possible all: 88
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.227 4383 RANDOM
Rwork0.185 --
all0.192 43540 -
obs0.192 43540 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2609 0 0 354 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.022
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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