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万見
- PDB-1fc4: 2-AMINO-3-KETOBUTYRATE COA LIGASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fc4
タイトル2-AMINO-3-KETOBUTYRATE COA LIGASE
要素2-AMINO-3-KETOBUTYRATE CONENZYME A LIGASE
キーワードTRANSFERASE / 2-amino-3-ketobutyrate CoA ligase / pyridoxal phosphate / coenzyme A / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine C-acetyltransferase / glycine C-acetyltransferase activity / L-threonine catabolic process to glycine / biosynthetic process / ligase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-3-KETOBUTYRIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Schmidt, A. / Matte, A. / Li, Y. / Sivaraman, J. / Larocque, R. / Schrag, J.D. / Smith, C. / Sauve, V. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of 2-amino-3-ketobutyrate CoA ligase from Escherichia coli complexed with a PLP-substrate intermediate: inferred reaction mechanism.
著者: Schmidt, A. / Sivaraman, J. / Li, Y. / Larocque, R. / Barbosa, J.A.R.G. / Smith, C. / Matte, A. / Schrag, J.D. / Cygler, M.
履歴
登録2000年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-AMINO-3-KETOBUTYRATE CONENZYME A LIGASE
B: 2-AMINO-3-KETOBUTYRATE CONENZYME A LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7546
ポリマ－88,0262
非ポリマー7284
水19,8711103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.936, 98.659, 118.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細kbl forms a homodimer in solution as well as in the crystal. The monomers are related by a noncrystallographic twofold

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要素

#1: タンパク質 2-AMINO-3-KETOBUTYRATE CONENZYME A LIGASE


分子量: 44013.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07912, UniProt: P0AB77*PLUS, glycine C-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-AKB / 2-AMINO-3-KETOBUTYRIC ACID / (S)-2-アミノ-3-オキソ酪酸


分子量: 117.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO3
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: ammonium sulfate, glycerol, Na/K phosphate, DTT, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.2 M1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
52.2 Mammonium sulfate1reservoir
63.4 %(w/v)glycerol1reservoir
70.1 Msodium/potassium phosphate1reservoir
83 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X8C10.979305
シンクロトロンNSLS X8C20.97955
シンクロトロンNSLS X8C30.961123
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年5月28日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年5月28日
ADSC QUANTUM 43CCD2000年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9793051
20.979551
30.9611231
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 97661 / Num. obs: 97661 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARP5モデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2→12 Å / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 5094 -arbitrary, 10%
Rwork0.151 ---
all-50708 --
obs-50708 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6089 0 46 1103 7238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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