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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fbt | ||||||
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タイトル | THE BISPHOSPHATASE DOMAIN OF THE BIFUNCTIONAL RAT LIVER 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE | ||||||
要素 | FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / TRANSFERASE / KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / fructose-6-phosphate binding / carbohydrate phosphorylation / fructose metabolic process ...6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / fructose-6-phosphate binding / carbohydrate phosphorylation / fructose metabolic process / response to glucagon / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / response to starvation / animal organ regeneration / response to glucocorticoid / response to cAMP / response to insulin / kinase binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, Y.-H. / Ogata, C. / Pflugrath, J.W. / Levitt, D.G. / Sarma, R. / Banaszak, L.J. / Pilkis, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the rat liver fructose-2,6-bisphosphatase based on selenomethionine multiwavelength anomalous dispersion phases. 著者: Lee, Y.H. / Ogata, C. / Pflugrath, J.W. / Levitt, D.G. / Sarma, R. / Banaszak, L.J. / Pilkis, S.J. #1: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 1995 タイトル: 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose-2,6-Bisphosphatase: A Metabolic Signaling Enzyme 著者: Pilkis, S.J. / Claus, T.H. / Kurland, I.J. / Lange, A.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Preliminary X-Ray Analysis of a Truncated Form of Recombinant Fructose-2,6-Bisphosphatase 著者: Lee, Y.H. / Lin, K. / Okar, D. / Alfano, N.L. / Sarma, R. / Pflugrath, J.W. / Pilkis, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fbt.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fbt.ent.gz | 71 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fbt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fbt_validation.pdf.gz | 389.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fbt_full_validation.pdf.gz | 398.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fbt_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fbt_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/1fbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/1fbt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9999, -0.0119, -0.0012), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22235.746 Da / 分子数: 2 / 変異: 30 AMINO ACIDS DELETED FROM THE C-TERMINAL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: A CODING REGION WHICH COVERS / 器官: LIVER / プラスミド: PET3A 遺伝子 (発現宿主): A CODING REGION WHICH COVERS FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE DOMAIN (RESIDUES 251-440) OF THE RAT LIVER 6-PF-2-K/FRU-2,6-P2ASE (RESIDUES 1-470) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 DE3 参照: UniProt: P07953, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | COMPND MOLECULE: FRU-2,6-BISPHOSPHATASE. THE FRU-2,6-BISPHOSPHATASE IS C-TERMINAL HALF (RESIDUE 251- ...COMPND MOLECULE: FRU-2,6-BISPHOSPHA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.04 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月4日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 32129 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 15137 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rfree: 0.273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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