ソフトウェア 名称 バージョン 分類 AMoRE位相決定 CNS1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 解像度 : 2→19.73 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high absF : 1006742.77 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.28 1201 10.4 % RANDOM Rwork 0.237 - - - obs 0.237 11597 90.7 % - all - 12786 - -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 44.95 Å2 / ksol : 0.404 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 11.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.01 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.52 Å2 0 Å2 3- - - -0.53 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.32 Å 0.26 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.17 Å 0.08 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→19.73 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1486 0 0 193 1679
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21.9 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.55 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error : 0.02 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.311 244 11.7 % Rwork 0.237 1849 - obs - - 99.9 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / バージョン : 1 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
σ(F) : 0 / % reflection Rfree : 10.4 % / Rfactor Rfree : 0.28 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 11.1 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg21.9 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.55
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.311 / % reflection Rfree : 11.7 % / Rfactor Rwork : 0.237