ソフトウェア 名称 バージョン 分類 AMoRE位相決定 CNS1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 解像度 : 2→32.37 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high absF : 484437.02 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.263 1190 10.3 % RANDOM Rwork 0.211 - - - obs 0.211 11553 90.2 % - all - 12808 - -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 36.78 Å2 / ksol : 0.362 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 18.4 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 1.27 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.34 Å2 0 Å2 3- - - -1.61 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.3 Å 0.23 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.15 Å 0.12 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→32.37 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1505 0 0 148 1653
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.014 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d23.3 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.86 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.01 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.75 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.49 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.17 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error : 0.023 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.262 135 10.8 % Rwork 0.22 1115 - obs - - 59.6 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / バージョン : 1 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
σ(F) : 0 / % reflection Rfree : 10.3 %溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 18.4 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg23.3 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.86 X-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.5 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.5
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.262 / % reflection Rfree : 10.8 % / Rfactor Rwork : 0.22