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- PDB-1fbn: CRYSTAL STRUCTURE OF A FIBRILLARIN HOMOLOGUE FROM METHANOCOCCUS J... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fbn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A FIBRILLARIN HOMOLOGUE FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII, A HYPERTHERMOPHILE, AT 1.6 A
要素MJ FIBRILLARIN HOMOLOGUE
キーワードRIBOSOME / FIBRILLARIN / MJ PROTEINS / RIBOSOMAL RNA PROCESSING / SNORNP / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / tRNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding
類似検索 - 分子機能
rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wang, H. / Boisvert, D. / Kim, K.K. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a fibrillarin homologue from Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile, at 1.6 A resolution.
著者: Wang, H. / Boisvert, D. / Kim, K.K. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録1999年4月25日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月26日Group: Other
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MJ FIBRILLARIN HOMOLOGUE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2401
ポリマ－26,2401
非ポリマー00
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.407, 43.264, 55.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MJ FIBRILLARIN HOMOLOGUE


分子量: 26239.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PSJ1240 / 参照: UniProt: Q58108
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 20% 2-PROPANOL, 20% PEG4k, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 5.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein1drop
210 %PEG40001drop
310 %isopropanol1drop
40.05 Msodium citrate1drop
520 %PEG40001reservoir
620 %isopropanol1reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97921,0.97894,0.96373
検出器日付: 1997年10月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.978941
30.963731
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 37155 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rsym value: 0.076
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.4 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3645 10.2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs-35943 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.34 Å20 Å22.94 Å2
2---6.52 Å20 Å2
3---0.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 0 0 186 2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.342.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 548 10 %
Rwork0.381 4908 -
obs--87.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.822
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.342.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.381 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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